[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルActivation mechanism of the mouse cold-sensing TRPM8 channel by cooling agonist and PIP.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 378, Issue 6616, Page eadd1268, Year 2022
掲載日2022年10月14日
著者Ying Yin / Feng Zhang / Shasha Feng / Kevin John Butay / Mario J Borgnia / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
PubMed 要旨The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is the primary molecular transducer responsible for the cool sensation elicited by menthol and cold in mammals. TRPM8 activation is ...The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is the primary molecular transducer responsible for the cool sensation elicited by menthol and cold in mammals. TRPM8 activation is controlled by cooling compounds together with the membrane lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP). Our knowledge of cold sensation and the therapeutic potential of TRPM8 for neuroinflammatory diseases and pain will be enhanced by understanding the structural basis of cooling agonist- and PIP-dependent TRPM8 activation. We present cryo-electron microscopy structures of mouse TRPM8 in closed, intermediate, and open states along the ligand- and PIP-dependent gating pathway. Our results uncover two discrete agonist sites, state-dependent rearrangements in the gate positions, and a disordered-to-ordered transition of the gate-forming S6-elucidating the molecular basis of chemically induced cool sensation in mammals.
リンクScience / PubMed:36227998 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.07 - 3.59 Å
構造データ

EMDB-27889: Mouse TRPM8 structure determined in the ligand- and PI(4,5)P2-free condition, Class II, C1 state with endogenous PI(4,5)P2 bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-27890: Mouse TRPM8 structure determined in the ligand- and PI(4,5)P2-free condition, Class III, putative desensitized state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-27891, PDB-8e4l:
The open state mouse TRPM8 structure in complex with the cooling agonist C3, AITC, and PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-27892, PDB-8e4m:
The intermediate C2-state mouse TRPM8 structure in complex with the cooling agonist C3 and PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-27893, PDB-8e4n:
The closed C1-state mouse TRPM8 structure in complex with PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-27894, PDB-8e4o:
The closed C1-state mouse TRPM8 structure in complex with putative PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-27895, PDB-8e4p:
Mouse TRPM8 structure determined in the ligand- and PI(4,5)P2-free condition, Class I , C0 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-27896, PDB-8e4q:
The closed C0-state flycatcher TRPM8 structure in complex with PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-UL9:
3-isothiocyanatoprop-1-ene / アリルイソチオシアナ-ト

ChemComp-ULO:
nonyl(oxo)di(propan-2-yl)-lambda~5~-phosphane

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Mus musculus
  • ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPM8 / menthol receptor / cold receptor / PI(4 / 5)P2 / cooling agonists / temperature sensing / ion channel / sensory transduction / transient receptor potential ion channel / cold sensor

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る