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タイトルA chikungunya virus-like particle vaccine induces broadly neutralizing and protective antibodies against alphaviruses in humans.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 15, Issue 696, Page eade8273, Year 2023
掲載日2023年5月17日
著者Saravanan Raju / Lucas J Adams / James T Earnest / Kelly Warfield / Lo Vang / James E Crowe / Daved H Fremont / Michael S Diamond /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle- ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes epidemics of acute and chronic musculoskeletal disease. Here, we analyzed the human B cell response to a CHIKV-like particle-adjuvanted vaccine (PXVX0317) from samples obtained from a phase 2 clinical trial in humans (NCT03483961). Immunization with PXVX0317 induced high levels of neutralizing antibody in serum against CHIKV and circulating antigen-specific B cells up to 6 months after immunization. Monoclonal antibodies (mAbs) generated from peripheral blood B cells of three PXVX0317-vaccinated individuals on day 57 after immunization potently neutralized CHIKV infection, and a subset of these inhibited multiple related arthritogenic alphaviruses. Epitope mapping and cryo-electron microscopy defined two broadly neutralizing mAbs that uniquely bind to the apex of the B domain of the E2 glycoprotein. These results demonstrate the inhibitory breadth and activity of the human B cell response induced by the PXVX0317 vaccine against CHIKV and potentially other related alphaviruses.
リンクSci Transl Med / PubMed:37196061 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 4.3 Å
構造データ

27763

8dww

EMDB-27763, PDB-8dww:
Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.A08 (asymmetric unit)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-27764: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.A08 (icosahedral reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

27765

8dwx

EMDB-27765, PDB-8dwx:
Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.C01 (asymmetric unit)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-27766: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab 506.C01 (icosahedral reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

27767

8dwy

EMDB-27767, PDB-8dwy:
Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (asymmetric unit)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-27768: Chikungunya VLP in complex with neutralizing Fab CHK-265 (icosahedral reconstruction)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.11 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • chikungunya virus strain senegal 37997 (チクングニア熱)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Antibody (抗体) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / CSGID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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