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タイトルActivation and closed-state inactivation mechanisms of the human voltage-gated K4 channel complexes.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 13, Page 2427-22442.e4, Year 2022
掲載日2022年7月7日
著者Wenlei Ye / Hongtu Zhao / Yaxin Dai / Yingdi Wang / Yu-Hua Lo / Lily Yeh Jan / Chia-Hsueh Lee /
PubMed 要旨The voltage-gated ion channel activity depends on both activation (transition from the resting state to the open state) and inactivation. Inactivation is a self-restraint mechanism to limit ion ...The voltage-gated ion channel activity depends on both activation (transition from the resting state to the open state) and inactivation. Inactivation is a self-restraint mechanism to limit ion conduction and is as crucial to membrane excitability as activation. Inactivation can occur when the channel is open or closed. Although open-state inactivation is well understood, the molecular basis of closed-state inactivation has remained elusive. We report cryo-EM structures of human K4.2 channel complexes in inactivated, open, and closed states. Closed-state inactivation of K4 involves an unprecedented symmetry breakdown for pore closure by only two of the four S4-S5 linkers, distinct from known mechanisms of open-state inactivation. We further capture K4 in a putative resting state, revealing how voltage sensor movements control the pore. Moreover, our structures provide insights regarding channel modulation by KChIP2 and DPP6 auxiliary subunits. Our findings elucidate mechanisms of closed-state inactivation and voltage-dependent activation of the K4 channel.
リンクMol Cell / PubMed:35597238 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.24 - 3.02 Å
構造データ

EMDB-26575, PDB-7uk5:
Human Kv4.2-KChIP2 channel complex in an open state, transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-26576, PDB-7ukc:
Human Kv4.2-KChIP2 channel complex in an inactivated state, class 1, transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-26577, PDB-7ukd:
Human Kv4.2-KChIP2 channel complex in an inactivated state, class 2, transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-26578, PDB-7uke:
Human Kv4.2-KChIP2 channel complex in an intermediate state, transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-26579, PDB-7ukf:
Human Kv4.2-KChIP2 channel complex in a putative resting state, transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-26580, PDB-7ukg:
Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.24 Å

EMDB-26581, PDB-7ukh:
Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, intracellular region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HG:
Unknown entry / 水銀

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / potassium channel complex (カリウムチャネル) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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