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タイトルBroadly neutralizing antibodies to SARS-related viruses can be readily induced in rhesus macaques.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 14, Issue 657, Page eabl9605, Year 2022
掲載日2022年8月10日
著者Wan-Ting He / Meng Yuan / Sean Callaghan / Rami Musharrafieh / Ge Song / Murillo Silva / Nathan Beutler / Wen-Hsin Lee / Peter Yong / Jonathan L Torres / Mariane Melo / Panpan Zhou / Fangzhu Zhao / Xueyong Zhu / Linghang Peng / Deli Huang / Fabio Anzanello / James Ricketts / Mara Parren / Elijah Garcia / Melissa Ferguson / William Rinaldi / Stephen A Rawlings / David Nemazee / Davey M Smith / Bryan Briney / Yana Safonova / Thomas F Rogers / Jennifer M Dan / Zeli Zhang / Daniela Weiskopf / Alessandro Sette / Shane Crotty / Darrell J Irvine / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Raiees Andrabi /
PubMed 要旨To prepare for future coronavirus (CoV) pandemics, it is desirable to generate vaccines capable of eliciting broadly neutralizing antibody responses to CoVs. Here, we show that immunization of ...To prepare for future coronavirus (CoV) pandemics, it is desirable to generate vaccines capable of eliciting broadly neutralizing antibody responses to CoVs. Here, we show that immunization of macaques with SARS-CoV-2 spike (S) protein with a two-shot protocol generated potent serum receptor binding domain cross-neutralizing antibody responses to both SARS-CoV-2 and SARS-CoV-1. Furthermore, responses were equally effective against most SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) and some were highly effective against Omicron. This result contrasts with human infection or many two-shot vaccination protocols where responses were typically more SARS-CoV-2 specific and where VOCs were less well neutralized. Structural studies showed that cloned macaque neutralizing antibodies, particularly using a given heavy chain germline gene, recognized a relatively conserved region proximal to the angiotensin converting enzyme 2 receptor binding site (RBS), whereas many frequently elicited human neutralizing antibodies targeted more variable epitopes overlapping the RBS. B cell repertoire differences between humans and macaques appeared to influence the vaccine response. The macaque neutralizing antibodies identified a pan-SARS-related virus epitope region less well targeted by human antibodies that could be exploited in rational vaccine design.
リンクSci Transl Med / PubMed:35947674 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.95 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-26522: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.25 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26523: SARS-CoV-1 in complex with K398.25 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26524: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.16 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26525: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.16 Fab (3 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26526: SARS-CoV-1 in complex with K398.16 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26527: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K288.2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26528: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.8 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26529: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.8 Fab (2 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26530: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.18 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26531: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.18 Fabs (2 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26532: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.22 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26533: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with K398.22 Fab (2 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26534: SARS-CoV-1 in complex with K398.8 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26535: SARS-CoV-1 in complex with K398.8 Fab (2 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26536: SARS-CoV-1 in complex with K398.18 Fab (2 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26537: SARS-CoV-1 in complex with K398.18 Fab (3 bound)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26538: SARS-CoV-1 in complex with K288.2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-26539: SARS-CoV-1 in complex with K398.22 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

PDB-7tp3:
Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody K288.2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-7tp4:
Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody K398.22
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

化合物

ChemComp-CAC:
CACODYLATE ION / ジメチルアルシン酸アニオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / antibody / neutralizing antibody / Fab / COVID-19 / coronavirus / receptor-binding domain / RBD / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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