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タイトルA mechanism of origin licensing control through autoinhibition of S. cerevisiae ORC·DNA·Cdc6.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1059, Year 2022
掲載日2022年2月25日
著者Jan Marten Schmidt / Ran Yang / Ashish Kumar / Olivia Hunker / Jan Seebacher / Franziska Bleichert /
PubMed 要旨The coordinated action of multiple replicative helicase loading factors is needed for the licensing of replication origins prior to DNA replication. Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to ...The coordinated action of multiple replicative helicase loading factors is needed for the licensing of replication origins prior to DNA replication. Binding of the Origin Recognition Complex (ORC) to DNA initiates the ATP-dependent recruitment of Cdc6, Cdt1 and Mcm2-7 loading, but the structural details for timely ATPase site regulation and for how loading can be impeded by inhibitory signals, such as cyclin-dependent kinase phosphorylation, are unknown. Using cryo-electron microscopy, we have determined several structures of S. cerevisiae ORC·DNA·Cdc6 intermediates at 2.5-2.7 Å resolution. These structures reveal distinct ring conformations of the initiator·co-loader assembly and inactive ATPase site configurations for ORC and Cdc6. The Orc6 N-terminal domain laterally engages the ORC·Cdc6 ring in a manner that is incompatible with productive Mcm2-7 docking, while deletion of this Orc6 region alleviates the CDK-mediated inhibition of Mcm7 recruitment. Our findings support a model in which Orc6 promotes the assembly of an autoinhibited ORC·DNA·Cdc6 intermediate to block origin licensing in response to CDK phosphorylation and to avert DNA re-replication.
リンクNat Commun / PubMed:35217664 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 2.7 Å
構造データ

25924

7tjf

EMDB-25924, PDB-7tjf:
S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

25925

7tjh

EMDB-25925, PDB-7tjh:
S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 1) with flexible Orc6 N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

25926

7tji

EMDB-25926, PDB-7tji:
S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 2) with flexible Orc6 N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

25927

7tjj

EMDB-25927, PDB-7tjj:
S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 1) with docked Orc6 N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

25928

7tjk

EMDB-25928, PDB-7tjk:
S. cerevisiae ORC bound to 84 bp ARS1 DNA and Cdc6 (state 2) with docked Orc6 N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードREPLICATION/DNA / initiator / helicase loader / AAA+ ATPase / REPLICATION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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