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タイトルStructural basis of NPR1 in activating plant immunity.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 605, Issue 7910, Page 561-566, Year 2022
掲載日2022年5月11日
著者Shivesh Kumar / Raul Zavaliev / Qinglin Wu / Ye Zhou / Jie Cheng / Lucas Dillard / Jordan Powers / John Withers / Jinshi Zhao / Ziqiang Guan / Mario J Borgnia / Alberto Bartesaghi / Xinnian Dong / Pei Zhou /
PubMed 要旨NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory ...NPR1 is a master regulator of the defence transcriptome induced by the plant immune signal salicylic acid. Despite the important role of NPR1 in plant immunity, understanding of its regulatory mechanisms has been hindered by a lack of structural information. Here we report cryo-electron microscopy and crystal structures of Arabidopsis NPR1 and its complex with the transcription factor TGA3. Cryo-electron microscopy analysis reveals that NPR1 is a bird-shaped homodimer comprising a central Broad-complex, Tramtrack and Bric-à-brac (BTB) domain, a BTB and carboxyterminal Kelch helix bundle, four ankyrin repeats and a disordered salicylic-acid-binding domain. Crystal structure analysis reveals a unique zinc-finger motif in BTB for interacting with ankyrin repeats and mediating NPR1 oligomerization. We found that, after stimulation, salicylic-acid-induced folding and docking of the salicylic-acid-binding domain onto ankyrin repeats is required for the transcriptional cofactor activity of NPR1, providing a structural explanation for a direct role of salicylic acid in regulating NPR1-dependent gene expression. Moreover, our structure of the TGA3-NPR1-TGA3 complex, DNA-binding assay and genetic data show that dimeric NPR1 activates transcription by bridging two fatty-acid-bound TGA3 dimers to form an enhanceosome. The stepwise assembly of the NPR1-TGA complex suggests possible hetero-oligomeric complex formation with other transcription factors, revealing how NPR1 reprograms the defence transcriptome.
リンクNature / PubMed:35545668 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.5 - 3.9 Å
構造データ

23884

7mk2

EMDB-23884, PDB-7mk2:
CryoEM Structure of NPR1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-23885:
CryoEM Map of the NPR1-SA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-25768: Cryo-EM maps of the (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

25769

7tac

EMDB-25769, PDB-7tac:
Cryo-EM structure of the (TGA3)2-(NPR1)2-(TGA3)2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-25770: cryo-EM maps of the (NPR1)2-(TGA3)2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

25771

7tad

EMDB-25771, PDB-7tad:
CryoEM structure of the (NPR1)2-(TGA3)2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

PDB-7mk3:
Crystal structure of NPR1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.06 Å

PDB-7tae:
Crystal Structure of the NPR1-Interacting Domain of TGA3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / NPR1 / SAR / plant immunity / TGA3 / Plant Immunity Complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / NPR1-interacting domain / transcription factor (転写因子)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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