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タイトルMunc13 structural transitions and oligomers that may choreograph successive stages in vesicle priming for neurotransmitter release.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 7, Year 2022
掲載日2022年2月15日
著者Kirill Grushin / R Venkat Kalyana Sundaram / Charles V Sindelar / James E Rothman /
PubMed 要旨How can exactly six SNARE complexes be assembled under each synaptic vesicle? Here we report cryo-EM crystal structures of the core domain of Munc13, the key chaperone that initiates SNAREpin ...How can exactly six SNARE complexes be assembled under each synaptic vesicle? Here we report cryo-EM crystal structures of the core domain of Munc13, the key chaperone that initiates SNAREpin assembly. The functional core of Munc13, consisting of C1-C2B-MUN-C2C (Munc13C) spontaneously crystallizes between phosphatidylserine-rich bilayers in two distinct conformations, each in a radically different oligomeric state. In the open conformation (state 1), Munc13C forms upright trimers that link the two bilayers, separating them by ∼21 nm. In the closed conformation, six copies of Munc13C interact to form a lateral hexamer elevated ∼14 nm above the bilayer. Open and closed conformations differ only by a rigid body rotation around a flexible hinge, which when performed cooperatively assembles Munc13 into a lateral hexamer (state 2) in which the key SNARE assembly-activating site of Munc13 is autoinhibited by its neighbor. We propose that each Munc13 in the lateral hexamer ultimately assembles a single SNAREpin, explaining how only and exactly six SNARE complexes are templated. We suggest that state 1 and state 2 may represent two successive states in the synaptic vesicle supply chain leading to "primed" ready-release vesicles in which SNAREpins are clamped and ready to release (state 3).
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35135883 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度10.0 Å
構造データ

EMDB-25737: Subtomogram average of the hexagonal assembly in Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C 2D crystal between lipid bilayers
PDB-7t7c: The hexagonal organization of Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C domains between lipid bilayers
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-25738: Subtomogram average of Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C trimer within 2D crystal between lipid bilayers.
PDB-7t7r: Structure of Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C trimer between lipid bilayers
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-25739: Composite map of Lateral Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C molecule
PDB-7t7v: Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C Lateral conformation on lipid bilayer surface
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-25740: Composite map of Upright Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C molecule spanning two lipid bilayers
PDB-7t7x: Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C Upright conformation spanning two lipid bilayers
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-25741: A composite 3D map of Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C 2D crystal between lipid bilayers.
PDB-7t81: Model of Munc13-1 C1-C2B-MUN-C2C 2D crystal between lipid bilayers.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードEXOCYTOSIS / Synaptic Transmission / Munc13 / Membrane Fusion

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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