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タイトルMolecular insights into antibody-mediated protection against the prototypic simian immunodeficiency virus.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 5236, Year 2022
掲載日2022年9月6日
著者Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Oliver Limbo / Ge Song / Peter Yong / Sean Callaghan / Jessica Coppola / Kim L Weisgrau / Jeffrey D Lifson / Rebecca Nedellec / Thomas B Voigt / Fernanda Laurino / Johan Louw / Brandon C Rosen / Michael Ricciardi / Max Crispin / Ronald C Desrosiers / Eva G Rakasz / David I Watkins / Raiees Andrabi / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Devin Sok /
PubMed 要旨SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing ...SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing antibodies (nAbs) to protect against SIVmac239 remain unknown. Here, we report the isolation of SIVmac239 nAbs that recognize a glycan hole and the V1/V4 loop. A high-resolution structure of a SIVmac239 Env trimer-nAb complex shows many similarities to HIV and SIVcpz Envs, but with distinct V4 features and an extended V1 loop. Moreover, SIVmac239 Env has a higher glycan shield density than HIV Env that may contribute to poor or delayed nAb responses in SIVmac239-infected macaques. Passive transfer of a nAb protects macaques from repeated intravenous SIVmac239 challenge at serum titers comparable to those described for protection of humans against HIV infection. Our results provide structural insights for vaccine design and shed light on antibody-mediated protection in the SIV model.
リンクNat Commun / PubMed:36068229 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.47 - 30.0 Å
構造データ

25621

7t2p

EMDB-25621, PDB-7t2p:
The Envelope Glycoprotein SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of the neutralizing antibody K11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-25623: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with FZ019.2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-25624: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with FZ012.7 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25625: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque Rh33519
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25626: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque Rh31186
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25627: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque Rh34620
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25628: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque r11008
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25629: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque r11008
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25630: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque r11002
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25631: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque r11004
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25632: SIVmac239.K180S SOSIP in complex with an unknown Fab from the polyclonal serum of the SIV-infected Rhesus Macaque r11004
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

25676

7t4g

EMDB-25676, PDB-7t4g:
The Envelope Glycoprotein SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of the neutralizing antibody K11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIV / Env / vaccine / neutralizing antibody / glycoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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