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Structure paper

タイトルThe hemolysin A secretion system is a multi-engine pump containing three ABC transporters.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 185, Issue 18, Page 3329-3340.e13, Year 2022
掲載日2022年9月1日
著者Hongtu Zhao / James Lee / Jue Chen /
PubMed 要旨Type 1 secretion systems (T1SSs) are widespread in pathogenic Gram-negative bacteria, extruding protein substrates following synthesis of the entire polypeptide. The Escherichia coli hemolysin A ...Type 1 secretion systems (T1SSs) are widespread in pathogenic Gram-negative bacteria, extruding protein substrates following synthesis of the entire polypeptide. The Escherichia coli hemolysin A secretion system has long been considered a prototype in structural and mechanistic studies of T1SSs. Three membrane proteins-an inner membrane ABC transporter HlyB, an adaptor protein HlyD, and an outer membrane porin TolC-are required for secretion. However, the stoichiometry and structure of the complex are unknown. Here, cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures determined in two conformations reveal that the inner membrane complex is a hetero-dodecameric assembly comprising three HlyB homodimers and six HlyD subunits. Functional studies indicate that oligomerization of HlyB and HlyD is essential for protein secretion and that polypeptides translocate through a canonical ABC transporter pathway in HlyB. Our data suggest that T1SSs entail three ABC transporters, one that functions as a protein channel and two that allosterically power the translocation process.
リンクCell / PubMed:36055198
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.4 Å
構造データ

25116

7sgr

EMDB-25116, PDB-7sgr:
Structure of hemolysin A secretion system HlyB/D complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

27326

8dck

EMDB-27326, PDB-8dck:
Structure of hemolysin A secretion system HlyB/D complex, ATP-bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
  • escherichia coli cft073 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / hydrolase / transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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