[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structures of prefusion SIV envelope trimer.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 11, Page 1080-1091, Year 2022
掲載日2022年11月7日
著者Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Brandon F Keele / Jeffrey D Lifson / Jun Liu / Mario Roederer / Peter D Kwong /
PubMed 要旨Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion ...Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion stabilization and cryo-EM structures of soluble envelope (Env) trimers from rhesus macaque SIV (SIV) in complex with neutralizing antibodies. These structures provide residue-level definition for SIV-specific disulfide-bonded variable loops (V1 and V2), which we used to delineate variable-loop coverage of the Env trimer. The defined variable loops enabled us to investigate assembled Env-glycan shields throughout SIV, which we found to comprise both N- and O-linked glycans, the latter emanating from V1 inserts, which bound the O-link-specific lectin jacalin. We also investigated in situ SIV-Env trimers on virions, determining cryo-electron tomography structures at subnanometer resolutions for an antibody-bound complex and a ligand-free state. Collectively, these structures define the prefusion-closed structure of the SIV-Env trimer and delineate variable-loop and glycan-shielding mechanisms of immune evasion conserved throughout SIV evolution.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36344847 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度4.12 - 10.0 Å
構造データ

EMDB-25062: In-situ structure of SIV trimer
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-25063: in situ SIVmac239-Env trimers on the surface of AT-2-inactivated virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-25064: in situ SIVmac239-Env trimers on the surface of AT-2-inactivated virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-25065: In-situ structure of SIVmac239-Env trimers with ITS90.03 associated
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-27631: SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.64 Å

27718

8dua

EMDB-27718, PDB-8dua:
SIV E660.CR54 SOS-2P Env Trimer with ITS92.02
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.32 Å

27735

8dvd

EMDB-27735, PDB-8dvd:
Cryo-EM structure of SIVmac239 SOS-2P Env trimer in complex with human bNAb PGT145
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.12 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

由来
  • Simian-Human immunodeficiency virus (ウイルス)
  • Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ)
  • Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
  • simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIV / ITS92 / HIV-1 / quaternary / HIV-2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / CD4 / SOSIP / Vaccine / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る