[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural mapping of antibody landscapes to human betacoronavirus spike proteins.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 18, Page eabn2911, Year 2022
掲載日2022年5月6日
著者Sandhya Bangaru / Aleksandar Antanasijevic / Nurgun Kose / Leigh M Sewall / Abigail M Jackson / Naveenchandra Suryadevara / Xiaoyan Zhan / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Alba Torrents de la Peña / James E Crowe / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV- ...Preexisting immunity against seasonal coronaviruses (CoVs) represents an important variable in predicting antibody responses and disease severity to severe acute respiratory syndrome CoV-2 (SARS-CoV-2) infections. We used electron microscopy-based polyclonal epitope mapping (EMPEM) to characterize the antibody specificities against β-CoV spike proteins in prepandemic (PP) sera or SARS-CoV-2 convalescent (SC) sera. We observed that most PP sera had antibodies specific to seasonal human CoVs (HCoVs) OC43 and HKU1 spike proteins while the SC sera showed reactivity across all human β-CoVs. Detailed molecular mapping of spike-antibody complexes revealed epitopes that were differentially targeted by preexisting antibodies and SC serum antibodies. Our studies provide an antigenic landscape to β-HCoV spikes in the general population serving as a basis for cross-reactive epitope analyses in SARS-CoV-2-infected individuals.
リンクSci Adv / PubMed:35507649 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 30.0 Å
構造データ

24968

7sb3

EMDB-24968, PDB-7sb3:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab1 (Donor 269)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

24969

7sb4

EMDB-24969, PDB-7sb4:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab2 (Donor 1412)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

24970

7sb5

EMDB-24970, PDB-7sb5:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab3 (Donor 1412)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

24989

7sbv

EMDB-24989, PDB-7sbv:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab4 (Donor 269)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

24990

7sbw

EMDB-24990, PDB-7sbw:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab5 (Donor 1051)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

24991

7sbx

EMDB-24991, PDB-7sbx:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab6 (Donor 1051)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24992

7sby

EMDB-24992, PDB-7sby:
Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab7 (Donor 269)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-24993: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab8 (Donor 1412)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-24994: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab9 (Donor 1412)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-24995: Structure of OC43 spike in complex with polyclonal Fab10 (Donor 1412)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-24996: Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with polyclonal Fab11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-24997: Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with polyclonal Fab12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-24998: Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with polyclonal Fab13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-24999: Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with polyclonal Fab14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-25000: Structure of SARS-CoV-2 spike in complex with polyclonal Fab15
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-25001: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1051
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25002: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1056
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25003: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1057
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25004: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1124
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25005: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1383
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25006: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1386
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25009: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1412
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25010: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, and SARS CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 269
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25011: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, SARS, and SARS-2 CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1988
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25012: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, SARS, and SARS-2 CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1989
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25013: Spike proteins from OC43, HKU1, MERS, SARS, and SARS-2 CoVs complexed with polyclonal Fab from donor 1992
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25014: HKU1 spike protein with foldon domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.9 Å

EMDB-25015: OC43 spike protein with foldon domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.9 Å

EMDB-25016: MERS spike protein with foldon domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.6 Å

EMDB-25017: SARS spike protein with foldon domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-25018: SARS-2 Hexapro stabilized spike with foldon domain (furin cleavage resistant)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-25019: SARS-2 Hexapro mut2 (S383C and D985C) stabilized spike with foldon domain (furin cleavage resistant)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-25020: SARS-2 Hexapro mut4 (A570C and L966C) stabilized spike with foldon domain (furin cleavage resistant)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-25021: SARS-2 Hexapro mut7 (V705C and T883C) stabilized spike with foldon domain (furin cleavage resistant)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-8Z9:
Sapienic acid / (Z)-6-ヘキサデセン酸

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • human coronavirus oc43 (ヒトコロナウイルス OC43)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • Human coronavirus HKU1 (ウイルス)
  • Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / HCoV / spike / OC43 / polyclonal antibody / EMPEM / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る