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タイトルStructures of the Type IX Secretion/Gliding Motility Motor from across the Phylum .
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 13, Issue 3, Page e0026722, Year 2022
掲載日2022年6月28日
著者Rory Hennell James / Justin C Deme / Alicia Hunter / Ben C Berks / Susan M Lea /
PubMed 要旨Gliding motility using cell surface adhesins, and export of proteins by the type IX secretion system (T9SS) are two phylum-specific features of the Bacteroidetes. Both of these processes are ...Gliding motility using cell surface adhesins, and export of proteins by the type IX secretion system (T9SS) are two phylum-specific features of the Bacteroidetes. Both of these processes are energized by the GldLM motor complex, which transduces the proton motive force at the inner membrane into mechanical work at the outer membrane. We previously used cryo-electron microscopy to solve the structure of the GldLM motor core from Flavobacterium johnsoniae at 3.9-Å resolution (R. Hennell James, J. C. Deme, A. Kjaer, F. Alcock, et al., Nat Microbiol 6:221-233, 2021, https://dx.doi.org/10.1038/s41564-020-00823-6). Here, we present structures of homologous complexes from a range of pathogenic and environmental species at up to 3.0-Å resolution. These structures show that the architecture of the GldLM motor core is conserved across the phylum, although there are species-specific differences at the N terminus of GldL. The resolution improvements reveal a cage-like structure that ties together the membrane-proximal cytoplasmic region of GldL and influences gliding function. These findings add detail to our structural understanding of bacterial ion-driven motors that drive the T9SS and gliding motility. Many bacteria in the phylum use the type IX secretion system to secrete proteins across their outer membrane. Most of these bacteria can also glide across surfaces using adhesin proteins that are propelled across the cell surface. Both secretion and gliding motility are driven by the GldLM protein complex, which forms a nanoscale electrochemical motor. We used cryo-electron microscopy to study the structure of the GldLM protein complex from different species, including the human pathogens Porphyromonas gingivalis and Capnocytophaga canimorsus. The organization of the motor is conserved across species, but we find species-specific structural differences and resolve motor features at higher resolution. This work improves our understanding of the type IX secretion system, which is a virulence determinant in human and animal diseases.
リンクmBio / PubMed:35446127 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.9 Å
構造データ

24956

7sat

EMDB-24956, PDB-7sat:
Structure of PorLM, the proton-powered motor that drives Type IX protein secretion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

24957

7sau

EMDB-24957, PDB-7sau:
Structure of GldLM, the proton-powered motor that drives Type IX protein secretion and gliding motility in Schleiferia thermophila
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24958

7sax

EMDB-24958, PDB-7sax:
Structure of GldLM, the proton-powered motor that drives Type IX protein secretion and gliding motility in Sphingobacterium wenxiniae
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24959

7saz

EMDB-24959, PDB-7saz:
Structure of GldLM, the proton-powered motor that drives Type IX protein secretion and gliding motility in Capnocytophaga canimorsus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24961

7sb2

EMDB-24961, PDB-7sb2:
Structure of the periplasmic domain of GldM from Capnocytophaga canimorsus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
  • porphyromonas gingivalis (strain atcc 33277 / dsm 20709 / cip 103683 / jcm 12257 / nctc 11834 / 2561) (バクテリア)
  • schleiferia thermophila str. yellowstone (バクテリア)
  • sphingobacterium wenxiniae (バクテリア)
  • Capnocytophaga canimorsus Cc5 (バクテリア)
  • capnocytophaga canimorsus (strain 5) (バクテリア)
キーワードMOTOR PROTEIN / type IX secretion system

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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