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タイトルModular polyketide synthase contains two reaction chambers that operate asynchronously.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 374, Issue 6568, Page 723-729, Year 2021
掲載日2021年11月5日
著者Saket R Bagde / Irimpan I Mathews / J Christopher Fromme / Chu-Young Kim /
PubMed 要旨Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto ...Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto group modification reactions. We determined the 2.4-angstrom-resolution x-ray crystal structure and the 3.1-angstrom-resolution cryo–electron microscopy structure of the Lsd14 polyketide synthase, stalled at the transacylation and condensation steps, respectively. These structures revealed how the constituent domains are positioned relative to each other, how they rearrange depending on the step in the reaction cycle, and the specific interactions formed between the domains. Like the evolutionarily related mammalian fatty acid synthase, Lsd14 contains two reaction chambers, but only one chamber in Lsd14 has the full complement of catalytic domains, indicating that only one chamber produces the polyketide product at any given time.
リンクScience / PubMed:34735234 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.35 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-24862:
CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, stalled at the condensation step, consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24863: CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, stalled at the condensation step, focused refinement of KS-KS'-ACP domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-24864:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, stalled at the condensation step, focused refinement of LDAT domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24865:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, stalled at the condensation step, focused refinement of LD'AT' domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24866:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, stalled at the condensation step, focused refinement of KR domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-24867:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, stalled at the condensation step, focused refinement of DD* and 1B2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

24868

7s6c

EMDB-24868, PDB-7s6c:
CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 stalled at the condensation step and bound to antibody fragment 1B2, composite structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24869:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24870:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, focused refinement of KSAT dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24871:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, focused refinement of LDAT domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24872:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, focused refinement of LD'AT' domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24873:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, focused refinement of KR domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-24874:
CryoEM map of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, focused refinement of DD* and 1B2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

24875

7s6d

EMDB-24875, PDB-7s6d:
CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24880:
CryoEM map of modular PKS apo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, consensus refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

PDB-7s6b:
Crystal structure of modular polyketide synthase apo-Lsd14 from the Lasalocid biosynthesis pathway, trapped in the transacylation step
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ATR:
2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン2′-りん酸5′-二りん酸

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

由来
  • streptomyces lasalocidi (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
  • saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Modular polyketide synthase / ketosynthase / acyltransferase / acyl carrier protein / ketoreductase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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