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タイトルStabilized HIV-1 envelope immunization induces neutralizing antibodies to the CD4bs and protects macaques against mucosal infection.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 14, Issue 661, Page eabo5598, Year 2022
掲載日2022年9月7日
著者Kevin O Saunders / Robert J Edwards / Kedamawit Tilahun / Kartik Manne / Xiaozhi Lu / Derek W Cain / Kevin Wiehe / Wilton B Williams / Katayoun Mansouri / Giovanna E Hernandez / Laura Sutherland / Richard Scearce / Robert Parks / Maggie Barr / Todd DeMarco / Chloe M Eater / Amanda Eaton / Georgeanna Morton / Benjamin Mildenberg / Yunfei Wang / R Wes Rountree / Mark A Tomai / Christopher B Fox / M Anthony Moody / S Munir Alam / Sampa Santra / Mark G Lewis / Thomas N Denny / George M Shaw / David C Montefiori / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
PubMed 要旨A successful HIV-1 vaccine will require induction of a polyclonal neutralizing antibody (nAb) response, yet vaccine-mediated induction of such a response in primates remains a challenge. We found ...A successful HIV-1 vaccine will require induction of a polyclonal neutralizing antibody (nAb) response, yet vaccine-mediated induction of such a response in primates remains a challenge. We found that a stabilized HIV-1 CH505 envelope (Env) trimer formulated with a Toll-like receptor 7/8 agonist induced potent HIV-1 polyclonal nAbs that correlated with protection from homologous simian-human immunodeficiency virus (SHIV) infection. The serum dilution that neutralized 50% of virus replication (ID titer) required to protect 90% of macaques was 1:364 against the challenge virus grown in primary rhesus CD4 T cells. Structural analyses of vaccine-induced nAbs demonstrated targeting of the Env CD4 binding site or the N156 glycan and the third variable loop base. Autologous nAb specificities similar to those elicited in macaques by vaccination were isolated from the human living with HIV from which the CH505 Env immunogen was derived. CH505 viral isolates were isolated that mutated the V1 to escape both the infection-induced and vaccine-induced antibodies. These results define the specificities of a vaccine-induced nAb response and the protective titers of HIV-1 vaccine-induced nAbs required to protect nonhuman primates from low-dose mucosal challenge by SHIVs bearing a primary transmitted/founder Env.
リンクSci Transl Med / PubMed:36070369 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10.4 - 18.4 Å
構造データ

EMDB-24619:
Negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1024 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24620:
Negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1025.1 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.4 Å

EMDB-24621:
Negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1027 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.4 Å

EMDB-24622:
Negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH1028 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.9 Å

EMDB-24623:
Negative stain electron microscopy single particle reconstruction of monoclonal antibody DH950 Fab in complex with HIV-1 Env CH505 SOSIP trimer.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.4 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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