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タイトルElectron cryo-tomography structure of axonemal doublet microtubule from .
ジャーナル・号・ページLife Sci Alliance, Vol. 5, Issue 3, Year 2022
掲載日2021年12月30日
著者Sam Li / Jose-Jesus Fernandez / Amy S Fabritius / David A Agard / Mark Winey /
PubMed 要旨Doublet microtubules (DMTs) provide a scaffold for axoneme assembly in motile cilia. Aside from α/β tubulins, the DMT comprises a large number of non-tubulin proteins in the luminal wall of DMTs, ...Doublet microtubules (DMTs) provide a scaffold for axoneme assembly in motile cilia. Aside from α/β tubulins, the DMT comprises a large number of non-tubulin proteins in the luminal wall of DMTs, collectively named the microtubule inner proteins (MIPs). We used cryoET to study axoneme DMT isolated from We present the structures of DMT at nanometer and sub-nanometer resolution. The structures confirm that MIP RIB72A/B binds to the luminal wall of DMT by multiple DM10 domains. We found FAP115, an MIP-containing multiple EF-hand domains, located at the interface of four-tubulin dimers in the lumen of A-tubule. It contacts both lateral and longitudinal tubulin interfaces and playing a critical role in DMT stability. We observed substantial structure heterogeneity in DMT in an knockout strain, showing extensive structural defects beyond the FAP115-binding site. The defects propagate along the axoneme. Finally, by comparing DMT structures from and , we have identified a number of conserved MIPs as well as MIPs that are unique to each organism. This conservation and diversity of the DMT structures might be linked to their specific functions. Our work provides structural insights essential for understanding the roles of MIPs during motile cilium assembly and function, as well as their relationships to human ciliopathies.
リンクLife Sci Alliance / PubMed:34969817 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.6 - 12.0 Å
構造データ

EMDB-24364:
A-tubule of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-24366:
B-tubule of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-24367:
Partial of A-tubule of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-24368:
A-tubule of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-24370:
B-tubule of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-24371:
A-tubule of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-24372:
B-tubule of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-24373:
Partial A-tubule of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-24374:
A-tubule of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.8 Å

EMDB-24375:
B-tubule of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-24376:
Inner junction structure of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-24377:
An unidentified MIP at the inner junction of axonemal microtubule doublet from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.9 Å

EMDB-24379:
Composite map of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.2 Å

EMDB-24380:
Composite map of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-24381:
Composite map of axonemal microtubule doublet in 16 nm repeat from a Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-24382:
Composite map of axonemal microtubule doublet in 48 nm repeat from a Tetrahymena thermophila mutant fap115 knockout
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.0 Å

由来
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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