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タイトルBroad sarbecovirus neutralization by a human monoclonal antibody.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 597, Issue 7874, Page 103-108, Year 2021
掲載日2021年7月19日
著者M Alejandra Tortorici / Nadine Czudnochowski / Tyler N Starr / Roberta Marzi / Alexandra C Walls / Fabrizia Zatta / John E Bowen / Stefano Jaconi / Julia Di Iulio / Zhaoqian Wang / Anna De Marco / Samantha K Zepeda / Dora Pinto / Zhuoming Liu / Martina Beltramello / Istvan Bartha / Michael P Housley / Florian A Lempp / Laura E Rosen / Exequiel Dellota / Hannah Kaiser / Martin Montiel-Ruiz / Jiayi Zhou / Amin Addetia / Barbara Guarino / Katja Culap / Nicole Sprugasci / Christian Saliba / Eneida Vetti / Isabella Giacchetto-Sasselli / Chiara Silacci Fregni / Rana Abdelnabi / Shi-Yan Caroline Foo / Colin Havenar-Daughton / Michael A Schmid / Fabio Benigni / Elisabetta Cameroni / Johan Neyts / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Sean P J Whelan / Gyorgy Snell / Jesse D Bloom / Davide Corti / David Veesler / Matteo Samuele Pizzuto /
PubMed 要旨The recent emergence of SARS-CoV-2 variants of concern and the recurrent spillovers of coronaviruses into the human population highlight the need for broadly neutralizing antibodies that are not ...The recent emergence of SARS-CoV-2 variants of concern and the recurrent spillovers of coronaviruses into the human population highlight the need for broadly neutralizing antibodies that are not affected by the ongoing antigenic drift and that can prevent or treat future zoonotic infections. Here we describe a human monoclonal antibody designated S2X259, which recognizes a highly conserved cryptic epitope of the receptor-binding domain and cross-reacts with spikes from all clades of sarbecovirus. S2X259 broadly neutralizes spike-mediated cell entry of SARS-CoV-2, including variants of concern (B.1.1.7, B.1.351, P.1, and B.1.427/B.1.429), as well as a wide spectrum of human and potentially zoonotic sarbecoviruses through inhibition of angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) binding to the receptor-binding domain. Furthermore, deep-mutational scanning and in vitro escape selection experiments demonstrate that S2X259 possesses an escape profile that is limited to a single substitution, G504D. We show that prophylactic and therapeutic administration of S2X259 protects Syrian hamsters (Mesocricetus auratus) against challenge with the prototypic SARS-CoV-2 and the B.1.351 variant of concern, which suggests that this monoclonal antibody is a promising candidate for the prevention and treatment of emergent variants and zoonotic infections. Our data reveal a key antigenic site that is targeted by broadly neutralizing antibodies and will guide the design of vaccines that are effective against all sarbecoviruses.
リンクNature / PubMed:34280951 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 Å
構造データ

24347

7ra8

EMDB-24347, PDB-7ra8:
SARS-CoV-2 S glycoprotein in complex with S2X259 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

24365

7ral

EMDB-24365, PDB-7ral:
SARS-CoV-2 S bound to S2X259 Fab (local refinement of the RBD/S2X259 variable domains)
手法: EM (単粒子)

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Spike glycoprotein / Fab S2X259 / VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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