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Structure paper

タイトルStructural and mechanistic basis of σ-dependent transcriptional pausing.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 23, Page e2201301119, Year 2022
掲載日2022年6月7日
著者Chirangini Pukhrambam / Vadim Molodtsov / Mahdi Kooshkbaghi / Ammar Tareen / Hoa Vu / Kyle S Skalenko / Min Su / Zhou Yin / Jared T Winkelman / Justin B Kinney / Richard H Ebright / Bryce E Nickels /
PubMed 要旨In σ-dependent transcriptional pausing, the transcription initiation factor σ, translocating with RNA polymerase (RNAP), makes sequence-specific protein–DNA interactions with a promoter-like ...In σ-dependent transcriptional pausing, the transcription initiation factor σ, translocating with RNA polymerase (RNAP), makes sequence-specific protein–DNA interactions with a promoter-like sequence element in the transcribed region, inducing pausing. It has been proposed that, in σ-dependent pausing, the RNAP active center can access off-pathway “backtracked” states that are substrates for the transcript-cleavage factors of the Gre family and on-pathway “scrunched” states that mediate pause escape. Here, using site-specific protein–DNA photocrosslinking to define positions of the RNAP trailing and leading edges and of σ relative to DNA at the λPR′ promoter, we show directly that σ-dependent pausing in the absence of GreB in vitro predominantly involves a state backtracked by 2–4 bp, and σ-dependent pausing in the presence of GreB in vitro and in vivo predominantly involves a state scrunched by 2–3 bp. Analogous experiments with a library of 47 (∼16,000) transcribed-region sequences show that the state scrunched by 2–3 bp—and only that state—is associated with the consensus sequence, T−3N−2Y−1G+1, (where −1 corresponds to the position of the RNA 3′ end), which is identical to the consensus for pausing in initial transcription and which is related to the consensus for pausing in transcription elongation. Experiments with heteroduplex templates show that sequence information at position T−3 resides in the DNA nontemplate strand. A cryoelectron microscopy structure of a complex engaged in σ-dependent pausing reveals positions of DNA scrunching on the DNA nontemplate and template strands and suggests that position T−3 of the consensus sequence exerts its effects by facilitating scrunching.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35653571 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 Å
構造データ

24148

7n4e

EMDB-24148, PDB-7n4e:
Escherichia coli sigma 70-dependent paused transcription elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSFERASE/DNA/RNA / elongation / pausing / sigma 70 / transcription complex / DNA scrunching / TRANSFERASE-DNA-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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