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タイトルThe mobility of two kinase domains in the Escherichia coli chemoreceptor array varies with signalling state.
ジャーナル・号・ページMol Microbiol, Vol. 89, Issue 5, Page 831-841, Year 2013
掲載日2013年7月30日
著者Ariane Briegel / Peter Ames / James C Gumbart / Catherine M Oikonomou / John S Parkinson / Grant J Jensen /
PubMed 要旨Motile bacteria sense their physical and chemical environment through highly cooperative, ordered arrays of chemoreceptors. These signalling complexes phosphorylate a response regulator which in turn ...Motile bacteria sense their physical and chemical environment through highly cooperative, ordered arrays of chemoreceptors. These signalling complexes phosphorylate a response regulator which in turn governs flagellar motor reversals, driving cells towards favourable environments. The structural changes that translate chemoeffector binding into the appropriate kinase output are not known. Here, we apply high-resolution electron cryotomography to visualize mutant chemoreceptor signalling arrays in well-defined kinase activity states. The arrays were well ordered in all signalling states, with no discernible differences in receptor conformation at 2-3 nm resolution. Differences were observed, however, in a keel-like density that we identify here as CheA kinase domains P1 and P2, the phosphorylation site domain and the binding domain for response regulator target proteins. Mutant receptor arrays with high kinase activities all exhibited small keels and high proteolysis susceptibility, indicative of mobile P1 and P2 domains. In contrast, arrays in kinase-off signalling states exhibited a range of keel sizes. These findings confirm that chemoreceptor arrays do not undergo large structural changes during signalling, and suggest instead that kinase activity is modulated at least in part by changes in the mobility of key domains.
リンクMol Microbiol / PubMed:23802570 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度25.0 - 32.0 Å
構造データ

EMDB-2414:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked off - tsr mutant M222R
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-5541:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked off - tsr mutant A413T
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5542:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - low kinase activity state - tsr mutant P221D
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5543:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - low kinase activity state - tsr mutant EEEE
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5545:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - high kinase activity state - tsr mutant QQQQ
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5546:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked on - tsr mutant I241E
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5547:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked on - tsr mutant G235E
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5548:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - high kinase activity state - tsr mutant QEQE
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5549:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked off - tsr mutant A413T, deletion of subdomains P1 and P2 from CheA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5550:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked off - tsr mutant A413T, subdomain P2 deleted from CheA
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-5716:
Signaling in Chemoreceptor Arrays Through Mobility Control of Kinase Domains - kinase activity state locked off - tsr variant P221DdeltaP1P2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 32.0 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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