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タイトルStructures of the TRPM5 channel elucidate mechanisms of activation and inhibition.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 7, Page 604-613, Year 2021
掲載日2021年6月24日
著者Zheng Ruan / Emery Haley / Ian J Orozco / Mark Sabat / Richard Myers / Rebecca Roth / Juan Du / Wei Lü /
PubMed 要旨The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM ...The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM structures of the zebrafish TRPM5 in an apo closed state, a Ca-bound open state, and an antagonist-bound inhibited state. We define two novel ligand binding sites: a Ca site (Ca) in the intracellular domain and an antagonist site in the transmembrane domain (TMD). The Ca site is unique to TRPM5 and has two roles: modulating the voltage dependence and promoting Ca binding to the Ca site, which is conserved throughout TRPM channels. Conformational changes initialized from both Ca sites cooperatively open the ion-conducting pore. The antagonist NDNA wedges into the space between the S1-S4 domain and pore domain, stabilizing the transmembrane domain in an apo-like closed state. Our results lay the foundation for understanding the voltage-dependent TRPM channels and developing new therapeutic agents.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:34168372 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.6 Å
構造データ

23740

7mbp

EMDB-23740, PDB-7mbp:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 1 mM EDTA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

23741

7mbq

EMDB-23741, PDB-7mbq:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 5 mM calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-23742:
Zebrafish TRPM5 with 1 mM EDTA in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-23743:
Zebrafish TRPM5 with 1 mM calcium and 0.5 mM steviol in nanodisc at 3.0 Angstroms resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

23744

7mbr

EMDB-23744, PDB-7mbr:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (apo state)
手法: EM (単粒子)

23745

7mbs

EMDB-23745, PDB-7mbs:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 6 uM calcium (open state)
手法: EM (単粒子)

23746

7mbt

EMDB-23746, PDB-7mbt:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 E337A mutant in the presence of 5 mM calcium (low calcium occupancy in the transmembrane domain)
手法: EM (単粒子)

23747

7mbu

EMDB-23747, PDB-7mbu:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 E337A mutant in the presence of 5 mM calcium (high calcium occupancy in the transmembrane domain)
手法: EM (単粒子)

23748

7mbv

EMDB-23748, PDB-7mbv:
Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 5 mM calcium and 0.5 mM NDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-YUV:
(25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol / ジオスゲニン

ChemComp-YUY:
(2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(25R)-10alpha,14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-YUS:
N'-[(E)-(3,4-dimethoxyphenyl)methylidene]-2-(naphthalen-1-yl)acetohydrazide

由来
  • danio rerio (ゼブラフィッシュ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / TRP channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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