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タイトルStructural insight into SARS-CoV-2 neutralizing antibodies and modulation of syncytia.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 184, Issue 12, Page 3192-3204.e16, Year 2021
掲載日2021年6月10日
著者Daniel Asarnow / Bei Wang / Wen-Hsin Lee / Yuanyu Hu / Ching-Wen Huang / Bryan Faust / Patricia Miang Lon Ng / Eve Zi Xian Ngoh / Markus Bohn / David Bulkley / Andrés Pizzorno / Beatrice Ary / Hwee Ching Tan / Chia Yin Lee / Rabiatul Adawiyah Minhat / Olivier Terrier / Mun Kuen Soh / Frannie Jiuyi Teo / Yvonne Yee Chin Yeap / Shirley Gek Kheng Seah / Conrad En Zuo Chan / Emily Connelly / Nicholas J Young / Sebastian Maurer-Stroh / Laurent Renia / Brendon John Hanson / Manuel Rosa-Calatrava / Aashish Manglik / Yifan Cheng / Charles S Craik / Cheng-I Wang /
PubMed 要旨Infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is initiated by binding of the viral Spike protein to host receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), followed by ...Infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is initiated by binding of the viral Spike protein to host receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), followed by fusion of viral and host membranes. Although antibodies that block this interaction are in emergency use as early coronavirus disease 2019 (COVID-19) therapies, the precise determinants of neutralization potency remain unknown. We discovered a series of antibodies that potently block ACE2 binding but exhibit divergent neutralization efficacy against the live virus. Strikingly, these neutralizing antibodies can inhibit or enhance Spike-mediated membrane fusion and formation of syncytia, which are associated with chronic tissue damage in individuals with COVID-19. As revealed by cryoelectron microscopy, multiple structures of Spike-antibody complexes have distinct binding modes that not only block ACE2 binding but also alter the Spike protein conformational cycle triggered by ACE2 binding. We show that stabilization of different Spike conformations leads to modulation of Spike-mediated membrane fusion with profound implications for COVID-19 pathology and immunity.
リンクCell / PubMed:33974910 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.42 - 3.3 Å
構造データ

22993

7kqb

EMDB-22993, PDB-7kqb:
SARS-CoV-2 spike glycoprotein:Fab 5A6 complex I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

EMDB-22994:
SARS-CoV-2 Spike protein in complex with Fab 2H4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-22995:
Spike protein trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

22997

7kqe

EMDB-22997, PDB-7kqe:
SARS-CoV-2 spike glycoprotein:Fab 3D11 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

23707

7m71

EMDB-23707, PDB-7m71:
SARS-CoV-2 Spike:5A6 Fab complex I focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

23709

7m7b

EMDB-23709, PDB-7m7b:
SARS-CoV-2 Spike:Fab 3D11 complex focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / Spike / antibody / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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