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タイトルGenerating Chromosome Geometries in a Minimal Cell From Cryo-Electron Tomograms and Chromosome Conformation Capture Maps.
ジャーナル・号・ページFront Mol Biosci, Vol. 8, Page 644133, Year 2021
掲載日2021年7月22日
著者Benjamin R Gilbert / Zane R Thornburg / Vinson Lam / Fatema-Zahra M Rashid / John I Glass / Elizabeth Villa / Remus T Dame / Zaida Luthey-Schulten /
PubMed 要旨JCVI-syn3A is a genetically minimal bacterial cell, consisting of 493 genes and only a single 543 kbp circular chromosome. Syn3A's genome and physical size are approximately one-tenth those of the ...JCVI-syn3A is a genetically minimal bacterial cell, consisting of 493 genes and only a single 543 kbp circular chromosome. Syn3A's genome and physical size are approximately one-tenth those of the model bacterial organism 's, and the corresponding reduction in complexity and scale provides a unique opportunity for whole-cell modeling. Previous work established genome-scale gene essentiality and proteomics data along with its essential metabolic network and a kinetic model of genetic information processing. In addition to that information, whole-cell, spatially-resolved kinetic models require cellular architecture, including spatial distributions of ribosomes and the circular chromosome's configuration. We reconstruct cellular architectures of Syn3A cells at the single-cell level directly from cryo-electron tomograms, including the ribosome distributions. We present a method of generating self-avoiding circular chromosome configurations in a lattice model with a resolution of 11.8 bp per monomer on a 4 nm cubic lattice. Realizations of the chromosome configurations are constrained by the ribosomes and geometry reconstructed from the tomograms and include DNA loops suggested by experimental chromosome conformation capture (3C) maps. Using ensembles of simulated chromosome configurations we predict chromosome contact maps for Syn3A cells at resolutions of 250 bp and greater and compare them to the experimental maps. Additionally, the spatial distributions of ribosomes and the DNA-crowding resulting from the individual chromosome configurations can be used to identify macromolecular structures formed from ribosomes and DNA, such as polysomes and expressomes.
リンクFront Mol Biosci / PubMed:34368224 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-23660:
Cryo-electron tomogram of JCVI-Syn3A
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-23661:
Cryo-electron tomogram of a JCVI_Syn3A cell
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • synthetic bacterium JCVI-Syn3A (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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