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タイトルN-terminal domain antigenic mapping reveals a site of vulnerability for SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 184, Issue 9, Page 2332-2347.e16, Year 2021
掲載日2021年4月29日
著者Matthew McCallum / Anna De Marco / Florian A Lempp / M Alejandra Tortorici / Dora Pinto / Alexandra C Walls / Martina Beltramello / Alex Chen / Zhuoming Liu / Fabrizia Zatta / Samantha Zepeda / Julia di Iulio / John E Bowen / Martin Montiel-Ruiz / Jiayi Zhou / Laura E Rosen / Siro Bianchi / Barbara Guarino / Chiara Silacci Fregni / Rana Abdelnabi / Shi-Yan Caroline Foo / Paul W Rothlauf / Louis-Marie Bloyet / Fabio Benigni / Elisabetta Cameroni / Johan Neyts / Agostino Riva / Gyorgy Snell / Amalio Telenti / Sean P J Whelan / Herbert W Virgin / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto / David Veesler /
PubMed 要旨The SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein contains an immunodominant receptor-binding domain (RBD) targeted by most neutralizing antibodies (Abs) in COVID-19 patient plasma. Little is known about ...The SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein contains an immunodominant receptor-binding domain (RBD) targeted by most neutralizing antibodies (Abs) in COVID-19 patient plasma. Little is known about neutralizing Abs binding to epitopes outside the RBD and their contribution to protection. Here, we describe 41 human monoclonal Abs (mAbs) derived from memory B cells, which recognize the SARS-CoV-2 S N-terminal domain (NTD) and show that a subset of them neutralize SARS-CoV-2 ultrapotently. We define an antigenic map of the SARS-CoV-2 NTD and identify a supersite (designated site i) recognized by all known NTD-specific neutralizing mAbs. These mAbs inhibit cell-to-cell fusion, activate effector functions, and protect Syrian hamsters from SARS-CoV-2 challenge, albeit selecting escape mutants in some animals. Indeed, several SARS-CoV-2 variants, including the B.1.1.7, B.1.351, and P.1 lineages, harbor frequent mutations within the NTD supersite, suggesting ongoing selective pressure and the importance of NTD-specific neutralizing mAbs for protective immunity and vaccine design.
リンクCell / PubMed:33761326 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.2 - 6.5 Å
構造データ

23577

7lxw

EMDB-23577, PDB-7lxw:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2X333 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

23578

7lxx

EMDB-23578, PDB-7lxx:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2L28 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

23579

7lxy

EMDB-23579, PDB-7lxy:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2X333 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

23580

7lxz

EMDB-23580, PDB-7lxz:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2L28 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

23581

7ly0

EMDB-23581, PDB-7ly0:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2M28 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

23582

7ly2

EMDB-23582, PDB-7ly2:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2M28 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-23583:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2M24 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-23584:
SARS-CoV-2 S/S2X28 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-23585:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2X316 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-23586:
SARS-CoV-2 S/S2M11/S2L20 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

PDB-7ly3:
Crystal structure of SARS-CoV-2 S NTD bound to S2M28 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-UNX:
Unknown entry

ChemComp-XYL:
Xylitol / キシリト-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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