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タイトルStructural basis of glycan276-dependent recognition by HIV-1 broadly neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 37, Issue 5, Page 109922, Year 2021
掲載日2021年11月2日
著者Christopher A Cottrell / Kartik Manne / Rui Kong / Shuishu Wang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Robert J Edwards / Rory Henderson / Katarzyna Janowska / Megan Kopp / Bob C Lin / Mark K Louder / Adam S Olia / Reda Rawi / Chen-Hsiang Shen / Justin D Taft / Jonathan L Torres / Nelson R Wu / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Myron S Cohen / Barton F Haynes / Lawrence Shapiro / Andrew B Ward / Priyamvada Acharya / John R Mascola / Peter D Kwong /
PubMed 要旨Recognition of N-linked glycan at residue N276 (glycan276) at the periphery of the CD4-binding site (CD4bs) on the HIV-envelope trimer is a formidable challenge for many CD4bs-directed antibodies. To ...Recognition of N-linked glycan at residue N276 (glycan276) at the periphery of the CD4-binding site (CD4bs) on the HIV-envelope trimer is a formidable challenge for many CD4bs-directed antibodies. To understand how this glycan can be recognized, here we isolate two lineages of glycan276-dependent CD4bs antibodies. Antibody CH540-VRC40.01 (named for donor-lineage.clone) neutralizes 81% of a panel of 208 diverse strains, while antibody CH314-VRC33.01 neutralizes 45%. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of these two antibodies and 179NC75, a previously identified glycan276-dependent CD4bs antibody, in complex with HIV-envelope trimer reveal substantially different modes of glycan276 recognition. Despite these differences, binding of glycan276-dependent antibodies maintains a glycan276 conformation similar to that observed in the absence of glycan276-binding antibodies. By contrast, glycan276-independent CD4bs antibodies, such as VRC01, displace glycan276 upon binding. These results provide a foundation for understanding antibody recognition of glycan276 and suggest its presence may be crucial for priming immunogens seeking to initiate broad CD4bs recognition.
リンクCell Rep / PubMed:34731616 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.28 - 4.8 Å
構造データ

23312

7lg6

EMDB-23312, PDB-7lg6:
BG505 SOSIP.v5.2 in complex with VRC40.01 and RM19R Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

23411

7ll1

EMDB-23411: Cryo-EM map of BG505 DS-SOSIP in complex with glycan276-dependent broadly neutralizing antibody VRC40.01 Fab
PDB-7ll1: Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP in complex with glycan276-dependent broadly neutralizing antibody VRC40.01 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

23412

7ll2

EMDB-23412: Cryo-EM map of BG505 DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody VRC33.01 Fab
PDB-7ll2: Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody VRC33.01 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

23424

7llk

EMDB-23424: Cryo-EM map of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
PDB-7llk: Cryo-EM structure of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / antibody (抗体) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / SOSIP / Env / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / BG505 DS-SOSIP / glycan276-dependent / glycan276 / broadly neutralizing antibody (中和抗体) / VRC40.01 Fab / HIV- 1 Env / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系) / VRC33.01 Fab / HIV-1 / 179NC75 Fab

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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