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Structure paper

タイトルStructural mechanisms of gating and selectivity of human rod CNGA1 channel.
ジャーナル・号・ページNeuron, Vol. 109, Issue 8, Page 1302-11313.e4, Year 2021
掲載日2021年4月21日
著者Jing Xue / Yan Han / Weizhong Zeng / Yan Wang / Youxing Jiang /
PubMed 要旨Mammalian cyclic nucleotide-gated (CNG) channels play an essential role in the signal transduction of the visual and olfactory sensory systems. Here we reveal the structural mechanism of ligand ...Mammalian cyclic nucleotide-gated (CNG) channels play an essential role in the signal transduction of the visual and olfactory sensory systems. Here we reveal the structural mechanism of ligand gating in human rod CNGA1 channel by determining its cryo-EM structures in both the apo closed and cGMP-bound open states. Distinct from most other members of voltage-gated tetrameric cation channels, CNGA1 forms a central channel gate in the middle of the membrane, occluding the central cavity. Structural analyses of ion binding profiles in the selectivity filters of the wild-type channel and the E365Q filter mutant allow us to unambiguously define the two Ca binding sites inside the selectivity filter, providing structural insights into Ca blockage and permeation in CNG channels. The structure of the E365Q mutant also reveals two alternative side-chain conformations at Q365, providing a plausible explanation for the voltage-dependent gating of CNG channel acquired upon E365 mutation.
リンクNeuron / PubMed:33651975 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.6 Å
構造データ

23306

7lft

EMDB-23306, PDB-7lft:
Cryo-EM structure of human Apo CNGA1 channel in K+/Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

23307

7lfw

EMDB-23307, PDB-7lfw:
Cryo-EM structure of human cGMP-bound open CNGA1 channel in K+/Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

23308

7lfx

EMDB-23308, PDB-7lfx:
Cryo-EM structure of human cGMP-bound open CNGA1 channel in Na+/Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

23309

7lfy

EMDB-23309, PDB-7lfy:
Cryo-EM structure of human cGMP-bound open CNGA1 channel in Na+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

23310

7lg1

EMDB-23310, PDB-7lg1:
Cryo-EM structure of human cGMP-bound CNGA1_E365Q channel in Na+/Ca2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PCG:
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ALPHA-HELICAL / ION CHANNEL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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