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タイトルAn ultrapotent synthetic nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by stabilizing inactive Spike.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 370, Issue 6523, Page 1473-1479, Year 2020
掲載日2020年12月18日
著者Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T Kratochvil / Marcell Zimanyi / Ishan Deshpande / Jiahao Liang / Sasha Dickinson / Henry C Nguyen / Cynthia M Chio / Gregory E Merz / Michael C Thompson / Devan Diwanji / Kaitlin Schaefer / Aditya A Anand / Niv Dobzinski / Beth Shoshana Zha / Camille R Simoneau / Kristoffer Leon / Kris M White / Un Seng Chio / Meghna Gupta / Mingliang Jin / Fei Li / Yanxin Liu / Kaihua Zhang / David Bulkley / Ming Sun / Amber M Smith / Alexandrea N Rizo / Frank Moss / Axel F Brilot / Sergei Pourmal / Raphael Trenker / Thomas Pospiech / Sayan Gupta / Benjamin Barsi-Rhyne / Vladislav Belyy / Andrew W Barile-Hill / Silke Nock / Yuwei Liu / Nevan J Krogan / Corie Y Ralston / Danielle L Swaney / Adolfo García-Sastre / Melanie Ott / Marco Vignuzzi / / Peter Walter / Aashish Manglik /
PubMed 要旨The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By screening a yeast surface-displayed library of synthetic nanobody sequences, we developed nanobodies that disrupt the interaction between Spike and ACE2. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed that one nanobody, Nb6, binds Spike in a fully inactive conformation with its receptor binding domains locked into their inaccessible down state, incapable of binding ACE2. Affinity maturation and structure-guided design of multivalency yielded a trivalent nanobody, mNb6-tri, with femtomolar affinity for Spike and picomolar neutralization of SARS-CoV-2 infection. mNb6-tri retains function after aerosolization, lyophilization, and heat treatment, which enables aerosol-mediated delivery of this potent neutralizer directly to the airway epithelia.
リンクScience / PubMed:33154106 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.05 - 4.18 Å
構造データ

22907

7kkk

EMDB-22907: SARS-CoV-2 Spike bound to Nb6 in closed conformation
PDB-7kkk: SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing nanobody Nb6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-22908:
SARS-CoV-2 Spike bound to Nb6 in open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-22909:
SARS-CoV-2 Spike bound to Nb11 in closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

22910

7kkl

EMDB-22910: SARS-CoV-2 Spike bound to mNb6 in closed conformation
PDB-7kkl: SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing nanobody mNb6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-22911:
SARS-CoV-2 Spike bound to Nb11 in open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

PDB-7kkj:
Structure of anti-SARS-CoV-2 Spike nanobody mNb6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complex / Nanobody (ナノボディ) / VHH / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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