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タイトルStructural intermediates in the low pH-induced transition of influenza hemagglutinin.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 16, Issue 11, Page e1009062, Year 2020
掲載日2020年11月30日
著者Jingjing Gao / Miao Gui / Ye Xiang /
PubMed 要旨The hemagglutinin (HA) glycoproteins of influenza viruses play a key role in binding host cell receptors and in mediating virus-host cell membrane fusion during virus infection. Upon virus entry, HA ...The hemagglutinin (HA) glycoproteins of influenza viruses play a key role in binding host cell receptors and in mediating virus-host cell membrane fusion during virus infection. Upon virus entry, HA is triggered by low pH and undergoes large structural rearrangements from a prefusion state to a postfusion state. While structures of prefusion state and postfusion state of HA have been reported, the intermediate structures remain elusive. Here, we report two distinct low pH intermediate conformations of the influenza virus HA using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Our results show that a decrease in pH from 7.8 to 5.2 triggers the release of fusion peptides from the binding pockets and then causes a dramatic conformational change in the central helices, in which the membrane-proximal ends of the central helices unwind to an extended form. Accompanying the conformational changes of the central helices, the stem region of the HA undergoes an anticlockwise rotation of 9.5 degrees and a shift of 15 Å. The HA head, after being stabilized by an antibody, remains unchanged compared to the neutral pH state. Thus, the conformational change of the HA stem region observed in our research is likely to be independent of the HA head. These results provide new insights into the structural transition of HA during virus entry.
リンクPLoS Pathog / PubMed:33253316 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.2 Å
構造データ

22652

7k37

EMDB-22652, PDB-7k37:
Structure of full-length influenza HA with a head-binding antibody at pH 7.8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

22653

7k39

EMDB-22653, PDB-7k39:
Structure of full-length influenza HA with a head-binding antibody at pH 5.2, conformation A, neutral pH-like
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

22654

7k3a

EMDB-22654, PDB-7k3a:
Structure of full-length influenza HA with a head-binding antibody at pH 5.2, conformation B, fusion peptide release
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

22655

7k3b

EMDB-22655, PDB-7k3b:
Structure of full-length influenza HA with a head-binding antibody at pH 5.2, conformation C, central helices splay
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (strain a/hong kong/1/1968 h3n2) (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza / virus / hemagglutinin / antibody / low pH

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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