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タイトルMapping Neutralizing and Immunodominant Sites on the SARS-CoV-2 Spike Receptor-Binding Domain by Structure-Guided High-Resolution Serology.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 183, Issue 4, Page 1024-1042.e21, Year 2020
掲載日2020年11月12日
著者Luca Piccoli / Young-Jun Park / M Alejandra Tortorici / Nadine Czudnochowski / Alexandra C Walls / Martina Beltramello / Chiara Silacci-Fregni / Dora Pinto / Laura E Rosen / John E Bowen / Oliver J Acton / Stefano Jaconi / Barbara Guarino / Andrea Minola / Fabrizia Zatta / Nicole Sprugasci / Jessica Bassi / Alessia Peter / Anna De Marco / Jay C Nix / Federico Mele / Sandra Jovic / Blanca Fernandez Rodriguez / Sneha V Gupta / Feng Jin / Giovanni Piumatti / Giorgia Lo Presti / Alessandra Franzetti Pellanda / Maira Biggiogero / Maciej Tarkowski / Matteo S Pizzuto / Elisabetta Cameroni / Colin Havenar-Daughton / Megan Smithey / David Hong / Valentino Lepori / Emiliano Albanese / Alessandro Ceschi / Enos Bernasconi / Luigia Elzi / Paolo Ferrari / Christian Garzoni / Agostino Riva / Gyorgy Snell / Federica Sallusto / Katja Fink / Herbert W Virgin / Antonio Lanzavecchia / Davide Corti / David Veesler /
PubMed 要旨Analysis of the specificity and kinetics of neutralizing antibodies (nAbs) elicited by SARS-CoV-2 infection is crucial for understanding immune protection and identifying targets for vaccine design. ...Analysis of the specificity and kinetics of neutralizing antibodies (nAbs) elicited by SARS-CoV-2 infection is crucial for understanding immune protection and identifying targets for vaccine design. In a cohort of 647 SARS-CoV-2-infected subjects, we found that both the magnitude of Ab responses to SARS-CoV-2 spike (S) and nucleoprotein and nAb titers correlate with clinical scores. The receptor-binding domain (RBD) is immunodominant and the target of 90% of the neutralizing activity present in SARS-CoV-2 immune sera. Whereas overall RBD-specific serum IgG titers waned with a half-life of 49 days, nAb titers and avidity increased over time for some individuals, consistent with affinity maturation. We structurally defined an RBD antigenic map and serologically quantified serum Abs specific for distinct RBD epitopes leading to the identification of two major receptor-binding motif antigenic sites. Our results explain the immunodominance of the receptor-binding motif and will guide the design of COVID-19 vaccines and therapeutics.
リンクCell / PubMed:32991844 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.043 - 8.5 Å
構造データ

22491

7jv2

EMDB-22491, PDB-7jv2:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H13 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the receptor-binding motif and Fab variable domains)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

22492

7jv4

EMDB-22492, PDB-7jv4:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H13 neutralizing antibody (one RBD open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

22494

7jv6

EMDB-22494, PDB-7jv6:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H13 neutralizing antibody (closed conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

22497

7jva

EMDB-22497, PDB-7jva:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2A4 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the receptor-binding domain and Fab variable domains)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

22506

7jvc

EMDB-22506, PDB-7jvc:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2A4 neutralizing antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-22507:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H14 neutralizing antibody Fab fragment (two receptor-binding domains open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-22508:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2H14 neutralizing antibody Fab fragment (three receptor-binding domains open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

22512

7jw0

EMDB-22512, PDB-7jw0:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S304 neutralizing antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-22516:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2X35 neutralizing antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-22517:
SARS-CoV-2 spike in complex with the S2X35 neutralizing antibody Fab fragment (local refinement of the receptor-binding motif and Fab variable domains)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

PDB-7jx3:
Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-7jxc:
Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.47 Å

PDB-7jxd:
Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-7jxe:
Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.043 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-2PE:
NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル / 沈殿剤*YM

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / COVID-19 / spike glycoprotein / fusion protein / neutralizing antibodies / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / neutralizing monoclonal antibody / IMMUNE SYSTEM / neutralizing antibody / sarbecovirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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