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タイトルStructures of radial spokes and associated complexes important for ciliary motility.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 1, Page 29-37, Year 2021
掲載日2020年12月14日
著者Miao Gui / Meisheng Ma / Erica Sze-Tu / Xiangli Wang / Fujiet Koh / Ellen D Zhong / Bonnie Berger / Joseph H Davis / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown /
PubMed 要旨In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two ...In motile cilia, a mechanoregulatory network is responsible for converting the action of thousands of dynein motors bound to doublet microtubules into a single propulsive waveform. Here, we use two complementary cryo-EM strategies to determine structures of the major mechanoregulators that bind ciliary doublet microtubules in Chlamydomonas reinhardtii. We determine structures of isolated radial spoke RS1 and the microtubule-bound RS1, RS2 and the nexin-dynein regulatory complex (N-DRC). From these structures, we identify and build atomic models for 30 proteins, including 23 radial-spoke subunits. We reveal how mechanoregulatory complexes dock to doublet microtubules with regular 96-nm periodicity and communicate with one another. Additionally, we observe a direct and dynamically coupled association between RS2 and the dynein motor inner dynein arm subform c (IDAc), providing a molecular basis for the control of motor activity by mechanical signals. These structures advance our understanding of the role of mechanoregulation in defining the ciliary waveform.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33318703 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 6.3 Å
構造データ

EMDB-22475: Composite cryo-EM density map of the radial spoke 1 isolated from Chlamydomonas reinhardtii
PDB-7jtk: Radial spoke 1 isolated from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-22480: Cryo-EM density map of stalk of radial spoke 1 attached with doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii
PDB-7jts: Stalk of radial spoke 1 attached with doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

EMDB-22481: Composite cryo-EM density map of radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
PDB-7ju4: Radial spoke 2 stalk, IDAc, and N-DRC attached with doublet microtubule
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-22482:
Cryo-EM density map of on-doublet radial spoke 1 head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-22483:
Cryo-EM density map of on-doublet radial spoke 2 head
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-22486:
Cryo-EM density map of RSP1 dimer from two radial spokes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / native / complex / mechanoregulation / microtubule

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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