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タイトルThe Cryo-EM structure of AAV2 Rep68 in complex with ssDNA reveals a malleable AAA+ machine that can switch between oligomeric states.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 48, Issue 22, Page 12983-12999, Year 2020
掲載日2020年12月16日
著者Vishaka Santosh / Faik N Musayev / Rahul Jaiswal / Francisco Zárate-Pérez / Bram Vandewinkel / Caroline Dierckx / Molly Endicott / Kamyar Sharifi / Kelly Dryden / Els Henckaerts / Carlos R Escalante /
PubMed 要旨The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and ...The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and during the latent phase, site-specific integration. Rep proteins contain two multifunctional domains: an Origin Binding Domain (OBD) and a SF3 helicase domain (HD). Studies have shown that Rep proteins have a dynamic oligomeric behavior where the nature of the DNA substrate molecule modulates its oligomeric state. In the presence of ssDNA, Rep68 forms a large double-octameric ring complex. To understand the mechanisms underlying AAV Rep function, we investigated the cryo-EM and X-ray structures of Rep68-ssDNA complexes. Surprisingly, Rep68 generates hybrid ring structures where the OBD forms octameric rings while the HD forms heptamers. Moreover, the binding to ATPγS promotes a large conformational change in the entire AAA+ domain that leads the HD to form both heptamer and hexamers. The HD oligomerization is driven by an interdomain linker region that acts as a latch to 'catch' the neighboring HD subunit and is flexible enough to permit the formation of different stoichiometric ring structures. Overall, our studies show the structural basis of AAV Rep's structural flexibility required to fulfill its multifunctional role during the AAV life cycle.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:33270897 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.3 - 6.7 Å
構造データ

22451

7jse

EMDB-22451, PDB-7jse:
Adeno-Associated Virus Origin Binding Domain in complex with ssDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

22452

7jsf

EMDB-22452, PDB-7jsf:
Adeno-Associated Virus Helicase domain Heptamer with ssDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

22453

7jsg

EMDB-22453: Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Hexamer-ssDNA with ATPgS
PDB-7jsg: Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD-Heptamer-ssDNA with ATPgS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

22454

7jsh

EMDB-22454, PDB-7jsh:
Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Heptamer-ssAAVS1 with ATPgS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

22455

7jsi

EMDB-22455, PDB-7jsi:
Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Hexamer-ssDNA with ATPgS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.01 Å

PDB-6xb8:
Adeno-Associated Virus Origin Binding Domain in complex with ssDNA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
  • adeno-associated virus 2 (isolate srivastava/1982) (アデノ随伴ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / AAV / Protein-DNA / AAA+ / SF3 / HUH / VIRAL PROTEIN/DNA / VIRAL PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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