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タイトルStructural analysis of RIG-I-like receptors reveals ancient rules of engagement between diverse RNA helicases and TRIM ubiquitin ligases.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 3, Page 599-613.e8, Year 2021
掲載日2021年2月4日
著者Kazuki Kato / Sadeem Ahmad / Zixiang Zhu / Janet M Young / Xin Mu / Sehoon Park / Harmit S Malik / Sun Hur /
PubMed 要旨RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved ...RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved rules of engagement between RNA helicases and tripartite motif (TRIM) E3 ligases that lead to their functional coordination in vertebrate innate immunity. Using cryoelectron microscopy and biochemistry, we show that RIG-I-like receptors (RLRs), viral RNA receptors with helicase domains, interact with their cognate TRIM/TRIM-like E3 ligases through similar epitopes in the helicase domains. Their interactions are avidity driven, restricting the actions of TRIM/TRIM-like proteins and consequent immune activation to RLR multimers. Mass spectrometry and phylogeny-guided biochemical analyses further reveal that similar rules of engagement may apply to diverse RNA helicases and TRIM/TRIM-like proteins. Our analyses suggest not only conserved substrates for TRIM proteins but also, unexpectedly, deep evolutionary connections between TRIM proteins and RNA helicases, linking ubiquitin and RNA biology throughout animal evolution.
リンクMol Cell / PubMed:33373584 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称) / X線回折
解像度1.92 - 4.3 Å
構造データ

22368

7jl0

EMDB-22368, PDB-7jl0:
Cryo-EM structure of MDA5-dsRNA in complex with TRIM65 PSpry domain (Monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

22369

7jl1

EMDB-22369, PDB-7jl1:
Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA in complex with RIPLET PrySpry domain (monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

22370

7jl2

EMDB-22370, PDB-7jl2:
Cryo-EM structure of MDA5-dsRNA filament in complex with TRIM65 PSpry domain (Trimer)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

22371

7jl3

EMDB-22371, PDB-7jl3:
Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA filament in complex with RIPLET PrySpry domain (trimer)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

PDB-7jl4:
Crystal structure of TRIM65 PSpry domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM/RNA / Innate immunity / Ubiquitin E3 ligase / dsRNA / RNA helicase / TRIM family / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM-RNA complex / HYDROLASE/TRANSFERASE/RNA / E3 ligase / helicase / antiviral signaling / RLR / dsRNA sensor / HYDROLASE-TRANSFERASE-RNA complex / ATPase / IMMUNE SYSTEM / RIG-I-like helicase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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