[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルElectron-event representation data enable efficient cryoEM file storage with full preservation of spatial and temporal resolution.
ジャーナル・号・ページIUCrJ, Vol. 7, Issue Pt 5, Page 860-869, Year 2020
掲載日2020年9月1日
著者Hui Guo / Erik Franken / Yuchen Deng / Samir Benlekbir / Garbi Singla Lezcano / Bart Janssen / Lingbo Yu / Zev A Ripstein / Yong Zi Tan / John L Rubinstein /
PubMed 要旨Direct detector device (DDD) cameras have revolutionized electron cryomicroscopy (cryoEM) with their high detective quantum efficiency (DQE) and output of movie data. A high ratio of camera frame ...Direct detector device (DDD) cameras have revolutionized electron cryomicroscopy (cryoEM) with their high detective quantum efficiency (DQE) and output of movie data. A high ratio of camera frame rate (frames per second) to camera exposure rate (electrons per pixel per second) allows electron counting, which further improves the DQE and enables the recording of super-resolution information. Movie output also allows the correction of specimen movement and compensation for radiation damage. However, these movies come at the cost of producing large volumes of data. It is common practice to sum groups of successive camera frames to reduce the final frame rate, and therefore the file size, to one suitable for storage and image processing. This reduction in the temporal resolution of the camera requires decisions to be made during data acquisition that may result in the loss of information that could have been advantageous during image analysis. Here, experimental analysis of a new electron-event representation (EER) data format for electron-counting DDD movies is presented, which is enabled by new hardware developed by Thermo Fisher Scientific for their Falcon DDD cameras. This format enables the recording of DDD movies at the raw camera frame rate without sacrificing either spatial or temporal resolution. Experimental data demonstrate that the method retains super-resolution information and allows the correction of specimen movement at the physical frame rate of the camera while maintaining manageable file sizes. The EER format will enable the development of new methods that can utilize the full spatial and temporal resolution of DDD cameras.
リンクIUCrJ / PubMed:32939278 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.07 - 3.3 Å
構造データ

EMDB-22346:
CryoEM structure of human light chain apoferritin calculated from EER movies (super-resolution experiment, no supersampling)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-22347:
CryoEM structure of human light chain apoferritin calculated from EER movies (super-resolution experiment, 2x supersampling with random subpixel information)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-22348:
CryoEM structure of human light chain apoferritin calculated from EER movies (super-resolution experiment, 2x supersampling)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-22349:
CryoEM structure of human light chain apoferritin calculated from EER movies (intra-fraction motion correction experiment, no supersampling)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.14 Å

EMDB-22350:
CryoEM structure of human light chain apoferritin calculated from EER movies (intra-fraction motion correction experiment, 1.5x supersampling, particle motion corrected without B-spline interpolation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-22351:
CryoEM structure of human light chain apoferritin calculated from EER movies (intra-fraction motion correction experiment, 1.5x supersampling, particle motion corrected with B-spline interpolation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る