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タイトルAtomic structure of the flagellar filament reveals how ε Proteobacteria escaped Toll-like receptor 5 surveillance.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 117, Issue 29, Page 16985-16991, Year 2020
掲載日2020年7月21日
著者Mark A B Kreutzberger / Cheryl Ewing / Frederic Poly / Fengbin Wang / Edward H Egelman /
PubMed 要旨Vertebrates, from zebra fish to humans, have an innate immune recognition of many bacterial flagellins. This involves a conserved eight-amino acid epitope in flagellin recognized by the Toll-like ...Vertebrates, from zebra fish to humans, have an innate immune recognition of many bacterial flagellins. This involves a conserved eight-amino acid epitope in flagellin recognized by the Toll-like receptor 5 (TLR5). Several important human pathogens, such as and , have escaped TLR5 activation by mutations in this epitope. When such mutations were introduced into flagellin, motility was abolished. It was previously argued, using very low-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), that accommodated these mutations by forming filaments with 7 protofilaments, rather than the 11 found in other bacteria. We have now determined the atomic structure of the G508A flagellar filament from a 3.5-Å-resolution cryo-EM reconstruction, and show that it has 11 protofilaments. The residues in the TLR5 epitope have reduced contacts with the adjacent subunit compared to other bacterial flagellar filament structures. The weakening of the subunit-subunit interface introduced by the mutations in the TLR5 epitope is compensated for by extensive interactions between the outer domains of the flagellin subunits. In other bacteria, these outer domains can be nearly absent or removed without affecting motility. Furthermore, we provide evidence for the stabilization of these outer domain interactions through glycosylation of key residues. These results explain the essential role of glycosylation in motility, and show how the outer domains have evolved to play a role not previously found in other bacteria.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:32641510 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.5 Å
構造データ

EMDB-22088, PDB-6x80:
Structure of the Campylobacter jejuni G508A Flagellar Filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-P8E:
5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid / 2,4α-ジヒドロキシ-5α-アミノ-6α-[(1S,2S)-1-アミノ-2-ヒドロキシプロピル]テトラヒドロ-2H-(以下略)

由来
  • campylobacter jejuni (カンピロバクター)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Helical Symmetry / Bacterial Flagellar Filament

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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