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Structure paper

タイトルStructural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年9月1日
著者David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang /
PubMed 要旨Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release.
リンクElife / PubMed:32869741 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.86 - 3.92 Å
構造データ

21902

6wu1

EMDB-21902, PDB-6wu1:
Structure of apo LaINDY
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

21903

6wu2

EMDB-21903, PDB-6wu2:
Structure of the LaINDY-malate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

21904

6wu3

EMDB-21904, PDB-6wu3:
Structure of VcINDY-Na+ in amphipol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

21905

6wu4

EMDB-21905, PDB-6wu4:
Structure of the LaINDY-alpha-ketoglutarate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

21928

6ww5

EMDB-21928, PDB-6ww5:
Structure of VcINDY-Na-Fab84 in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

PDB-6wtw:
Structure of LaINDY crystallized in the presence of alpha-ketoglutarate and malate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.86 Å

PDB-6wtx:
Structure of VcINDY in complex with terephthalate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.92 Å

化合物

ChemComp-UB7:
terephthalic acid / テレフタル酸

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

ChemComp-6PE:
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン

由来
  • lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
  • vibrio cholerae (コレラ菌)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / MEMBRANE PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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