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タイトルFamily-wide Structural and Biophysical Analysis of Binding Interactions among Non-clustered δ-Protocadherins.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 30, Issue 8, Page 2655-22671.e7, Year 2020
掲載日2020年2月25日
著者Oliver J Harrison / Julia Brasch / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Alex J Noble / Hanbin Dan / Rosemary V Sampogna / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro /
PubMed 要旨Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the ...Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the molecular interactions underlying these functions, we used solution biophysics to characterize binding of δ1- and δ2-protocadherins, determined crystal structures of ectodomain complexes from each family, and assessed ectodomain assembly in reconstituted intermembrane junctions by cryoelectron tomography (cryo-ET). Homophilic trans (cell-cell) interactions were preferred for all δ-protocadherins, with additional weaker heterophilic interactions observed exclusively within each subfamily. As expected, δ1- and δ2-protocadherin trans dimers formed through antiparallel EC1-EC4 interfaces, like clustered protocadherins. However, no ectodomain-mediated cis (same-cell) interactions were detectable in solution; consistent with this, cryo-ET of reconstituted junctions revealed dense assemblies lacking the characteristic order observed for clustered protocadherins. Our results define non-clustered protocadherin binding properties and their structural basis, providing a foundation for interpreting their functional roles in neural patterning.
リンクCell Rep / PubMed:32101743 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / X線回折
解像度2 - 3.71 Å
構造データ

EMDB-21188:
human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes of liposomes tomogram 1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-21189:
human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes tomogram 2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-21190:
human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes tomogram 3
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-21191:
human non-clustered delta protocadherin 10 on membranes tomogram 1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-21192:
human non-clustered delta protocadherin 10 on membranes tomogram 2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-21193:
human non-clustered delta protocadherin 10 full ectodomains on membranes tomogram 3
手法: EM (トモグラフィー)

PDB-6vfp:
Crystal structure of human protocadherin 1 EC1-EC4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-6vfq:
Crystal structure of monomeric human protocadherin 10 EC1-EC4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-6vfr:
Crystal structure of human protocadherin 18 EC1-EC4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.79 Å

PDB-6vft:
Crystal structure of human delta protocadherin 17 EC1-EC4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.71 Å

PDB-6vfu:
Crystal structure of human protocadherin 19 EC1-EC4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

PDB-6vfv:
Crystal structure of human protocadherin 8 EC5-EC6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

PDB-6vfw:
Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.6 Å

PDB-6vg1:
xenopus protocadherin 8.1 EC1-6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-6vg4:
Human protocadherin 10 ectodomain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.298 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-TAM:
TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / pH緩衝剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードCELL ADHESION / cadherin extracellular region / non-clustered delta1 family protocadherin / homophilic adhesion/recognition calcium-dependent adhesion molecule / non-clustered delta2 family protocadherin / non-clustered delta2 family / protocadherin homophilic adhesion/recognition calcium-dependent / adhesion molecule / protocadherin / homophilic / adhesion/recognition calcium-dependent adhesion molecule / non-clustered delta2 protocadherin / homophilic adhesion/recognition calcium-dependent / cadherin / hemophilic / non-clustered / calcium binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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