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タイトルMapping the immunogenic landscape of near-native HIV-1 envelope trimers in non-human primates.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 16, Issue 8, Page e1008753, Year 2020
掲載日2020年8月31日
著者Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj Patel / Justin Gross / Leigh M Sewall / Jeffrey Copps / Gabriel Ozorowski / Bartek Nogal / Devin Sok / Eva G Rakasz / Celia Labranche / Vladimir Vigdorovich / Scott Christley / Diane G Carnathan / D Noah Sather / David Montefiori / Guido Silvestri / Dennis R Burton / John P Moore / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
PubMed 要旨The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown ...The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown promise as vaccine candidates as they can induce potent autologous neutralizing responses in rabbits and non-human primates. In this study, monoclonal antibodies were isolated and characterized from rhesus macaques immunized with the BG505 SOSIP.664 trimer to better understand vaccine-induced antibody responses. Our studies reveal a diverse landscape of antibodies recognizing immunodominant strain-specific epitopes and non-neutralizing neo-epitopes. Additionally, we isolated a subset of mAbs against an epitope cluster at the gp120-gp41 interface that recognize the highly conserved fusion peptide and the glycan at position 88 and have characteristics akin to several human-derived broadly neutralizing antibodies.
リンクPLoS Pathog / PubMed:32866207 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.85 - 29.0 Å
構造データ

EMDB-21053:
RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-21055:
RM19J Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-21056:
RM19F Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-21057:
RM19T Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-21058:
RM19R Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-21059:
RM19S Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21061:
RM19M Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21062:
RM19A1 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-21064:
RM19P Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21065:
RM19O Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-21066:
RM19L Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-21075:
RM19B Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-21076:
RM19K Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-21077:
RM19B1 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-21078:
RM19C Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-21079:
RM19C2 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-21080:
RM19E Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-21081:
RM19G Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-21082:
RM19C3 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21083:
RM20A2 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-21084:
RM20A3 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-21085:
RM20B Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-21086:
RM20B1 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-21087:
RM20C Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-21088:
RM20G Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-21089:
RM20J Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21090:
RM20E1 Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-21091:
RM20F Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-21092:
RM20H Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-21093:
RM20E Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

21232

6vlr

EMDB-21232, PDB-6vlr:
BG505 SOSIP.v5.2 in complex with rhesus macaque Fab RM20E1 and PGT122 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.42 Å

21246

6vn0

EMDB-21246, PDB-6vn0:
BG505 SOSIP.v4.1 in complex with rhesus macaque Fab RM20F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.25 Å

21257

6vo1

EMDB-21257, PDB-6vo1:
BG505 SOSIP.v5.2 in complex with rhesus macaque Fab RM20J
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

EMDB-21272:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh2011 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21273:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh2011 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21274:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh2011 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21275:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh2011 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-21276:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh1987 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-21277:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh1987 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-21278:
Polyclonal Fabs from rhesus macaque rh1987 wk28 plasma in complex with HIV Env trimer BG505 SOSIP.v5.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

PDB-6vor:
Crystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20E1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-6vos:
Crystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20J
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.299 Å

PDB-6vsr:
Crystal structure of macaque anti-HIV-1 antibody RM20F
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.176 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-TAM:
TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / pH緩衝剤*YM

ChemComp-2PE:
NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-P6G:
HEXAETHYLENE GLYCOL / ヘキサエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-PE8:
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

由来
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / antibody / Fab / vaccine / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Rhesus macaque / IMMUNE SYSTEM / non-human primates

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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