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タイトルCryo-EM Reveals Integrin-Mediated TGF-β Activation without Release from Latent TGF-β.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 180, Issue 3, Page 490-501.e16, Year 2020
掲載日2020年2月6日
著者Melody G Campbell / Anthony Cormier / Saburo Ito / Robert I Seed / Andrew J Bondesson / Jianlong Lou / James D Marks / Jody L Baron / Yifan Cheng / Stephen L Nishimura /
PubMed 要旨Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. ...Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. Inhibiting αvβ8-mediated TGF-β activation blocks immunosuppressive regulatory T cell differentiation, which is a potential therapeutic strategy in cancer. Using cryo-electron microscopy, structure-guided mutagenesis, and cell-based assays, we reveal the binding interactions between the entire αvβ8 ectodomain and its intact natural ligand, L-TGF-β, as well as two different inhibitory antibody fragments to understand the structural underpinnings of αvβ8 binding specificity and TGF-β activation. Our studies reveal a mechanism of TGF-β activation where mature TGF-β signals within the confines of L-TGF-β and the release and diffusion of TGF-β are not required. The structural details of this mechanism provide a rational basis for therapeutic strategies to inhibit αvβ8-mediated L-TGF-β activation.
リンクCell / PubMed:31955848 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.87 - 3.6 Å
構造データ

20794

6uja

EMDB-20794: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
PDB-6uja: Integrin alpha-v beta-8 in complex with pro-TGF-beta1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

20795

6ujb

EMDB-20795: Integrin alpha-v beta-8 in complex with Fabs C6D4 and 11D12v2 (Primary map: sharpened, focused refinement. Five additional maps.)
PDB-6ujb: Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs C6D4 and 11D12v2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

20796

6ujc

EMDB-20796: Integrin alpha-v beta-8 in complex with Fabs C6-RGD3 and 11D12v2 (Primary map: sharpened, focused refinement. Five additional maps.)
PDB-6ujc: Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs C6-RGD3 and 11D12v2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-20797:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation i (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-20798:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-20799:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation iii (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-20800:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation v (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

EMDB-20801:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation vi (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

EMDB-20802:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation vii (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-21125:
Integrin alpha-v beta-8 in complex with pro-TGF-beta1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / glycoprotein / adhesion / signaling / SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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