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タイトルMethods Matter: Standard Production Platforms for Recombinant AAV Produce Chemically and Functionally Distinct Vectors.
ジャーナル・号・ページMol Ther Methods Clin Dev, Vol. 18, Page 98-9118, Year 2020
掲載日2020年9月11日
著者Neil G Rumachik / Stacy A Malaker / Nicole Poweleit / Lucy H Maynard / Christopher M Adams / Ryan D Leib / Giana Cirolia / Dennis Thomas / Susan Stamnes / Kathleen Holt / Patrick Sinn / Andrew P May / Nicole K Paulk /
PubMed 要旨Different approaches are used in the production of recombinant adeno-associated virus (rAAV). The two leading approaches are transiently transfected human HEK293 cells and live baculovirus infection ...Different approaches are used in the production of recombinant adeno-associated virus (rAAV). The two leading approaches are transiently transfected human HEK293 cells and live baculovirus infection of () insect cells. Unexplained differences in vector performance have been seen clinically and preclinically. Thus, we performed a controlled comparative production analysis varying only the host cell species but maintaining all other parameters. We characterized differences with multiple analytical approaches: proteomic profiling by mass spectrometry, isoelectric focusing, cryo-EM (transmission electron cryomicroscopy), denaturation assays, genomic and epigenomic sequencing of packaged genomes, human cytokine profiling, and functional transduction assessments and , including in humanized liver mice. Using these approaches, we have made two major discoveries: (1) rAAV capsids have post-translational modifications (PTMs), including glycosylation, acetylation, phosphorylation, and methylation, and these differ between platforms; and (2) rAAV genomes are methylated during production, and these are also differentially deposited between platforms. Our data show that host cell protein impurities differ between platforms and can have their own PTMs, including potentially immunogenic N-linked glycans. Human-produced rAAVs are more potent than baculovirus- vectors in various cell types (p < 0.05-0.0001), in various mouse tissues (p < 0.03-0.0001), and in human liver (p < 0.005). These differences may have clinical implications for rAAV receptor binding, trafficking, expression kinetics, expression durability, vector immunogenicity, as well as cost considerations.
リンクMol Ther Methods Clin Dev / PubMed:32995354 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.6 Å
構造データ

20502

6pwa

EMDB-20502, PDB-6pwa:
AAV8 human HEK293-produced, full capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

20615

6u20

EMDB-20615, PDB-6u20:
AAV8 human HEK293-produced, empty capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

20626

6u2v

EMDB-20626, PDB-6u2v:
AAV8 Baculovirus-Sf9 produced, full capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

20710

6ubm

EMDB-20710, PDB-6ubm:
AAV8 Baculovirus-Sf9 produced, empty capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス)
キーワードVIRUS / Adeno-associated virus / AAV / gene therapy vector / post translational modification / capsid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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