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タイトルStructural organization of the C1a-e-c supercomplex within the ciliary central apparatus.
ジャーナル・号・ページJ Cell Biol, Vol. 218, Issue 12, Page 4236-4251, Year 2019
掲載日2019年12月2日
著者Gang Fu / Lei Zhao / Erin Dymek / Yuqing Hou / Kangkang Song / Nhan Phan / Zhiguo Shang / Elizabeth F Smith / George B Witman / Daniela Nicastro /
PubMed 要旨Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA ...Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA assembly usually result in motility-impaired or paralyzed cilia, which in humans causes disease. Despite their importance, the protein composition and functions of the CA projections are largely unknown. Here, we integrated biochemical and genetic approaches with cryo-electron tomography to compare the CA of wild-type with CA mutants. We identified a large (>2 MD) complex, the C1a-e-c supercomplex, that requires the PF16 protein for assembly and contains the CA components FAP76, FAP81, FAP92, and FAP216. We localized these subunits within the supercomplex using nanogold labeling and show that loss of any one of them results in impaired ciliary motility. These data provide insight into the subunit organization and 3D structure of the CA, which is a prerequisite for understanding the molecular mechanisms by which the CA regulates ciliary beating.
リンクJ Cell Biol / PubMed:31672705 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度22.0 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-20160:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-20161:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap92 mutant axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-20162:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap76-1 mutant axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-20163:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap76-2 mutant axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-20164:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap81 mutant axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-20165:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap216 mutant axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-20166:
The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap76-1,fap81 double mutant axoneme
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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