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Structure paper

タイトルCalcium stabilizes the flexible N-terminal domain of the bacterial ion channel DeCLIC.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol X, Vol. 12, Page 100139, Year 2025
掲載日2025年11月12日
著者Chen Fan / Marie Lycksell / Yuxuan Zhuang / Rebecca J Howard / Erik Lindahl /
PubMed 要旨Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) are responsible for the rapid conversion of chemical to electrical signals. In addition to the canonical extracellular and transmembrane domains, some ...Pentameric ligand-gated ion channels (pLGICs) are responsible for the rapid conversion of chemical to electrical signals. In addition to the canonical extracellular and transmembrane domains, some prokaryotic pLGICs contain an N-terminal domain (NTD) of unclear structure and function. In one such case, the calcium-sensitive channel DeCLIC, the NTD appears to accelerate gating; however, its evident flexibility has posed a challenge to model building, and its role in calcium sensitivity is unclear. Here we report cryo-EM structures of DeCLIC in circularized lipid nanodiscs, achieving the highest resolution reported so far, and enabling definition of calcium-binding sites in both the N-terminal and canonical extracellular domains. In addition to the symmetric state, calcium depletion promoted an asymmetric conformation of the NTD, offering a structural rationale for small-angle scattering results. Behavior of these structures in molecular dynamics simulations demonstrated calcium stabilization of the NTD. These features of DeCLIC offer a model system for ion-channel modulation by a flexible accessory domain, potentially conserved in structurally homologous systems across evolution.
リンクJ Struct Biol X / PubMed:41328424 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.06 - 2.74 Å
構造データ

19991

9ev1

EMDB-19991, PDB-9ev1:
3DFlex refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM EDTA in sym-like state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

19993

9ev7

EMDB-19993, PDB-9ev7:
3DFlex refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM EDTA in asym state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

19994

9ev8

EMDB-19994, PDB-9ev8:
Non-uniform refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.06 Å

19995

9ev9

EMDB-19995, PDB-9ev9:
Non-uniform refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM EDTA in asym state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

19996

9eva

EMDB-19996, PDB-9eva:
3DFlex refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.34 Å

19997

9evb

EMDB-19997, PDB-9evb:
Non-uniform refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM EDTA in sym-like state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.38 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-OCT:
N-OCTANE

ChemComp-D12:
DODECANE

ChemComp-D10:
DECANE

ChemComp-C14:
TETRADECANE

ChemComp-PX6:
1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • desulfofustis sp. pb-srb1 (バクテリア)
キーワードTRANSLOCASE / Ion channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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