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タイトルA non-symmetrical p97 conformation initiates a multistep recruitment of Ufd1/Npl4.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 27, Issue 6, Page 110061, Year 2024
掲載日2024年6月21日
著者Michal Arie / Donna Matzov / Rotem Karmona / Natalia Szenkier / Ariel Stanhill / Ami Navon /
PubMed 要旨 experiments and cryo-EM structures of p97 and its cofactor, Ufd1/Npl4 (UN), elucidated substrate processing. Yet, the structural transitions and the related ATPase cycle upon UN binding remain ... experiments and cryo-EM structures of p97 and its cofactor, Ufd1/Npl4 (UN), elucidated substrate processing. Yet, the structural transitions and the related ATPase cycle upon UN binding remain unresolved. We captured two discrete conformations: One in which D1 protomers are ATP bound, while the D2 subunits are in the ADP state, presumably required for substrate engagement with the D2 pore; and a heterologous nucleotide state within the D1 ring in which only two NTDs are in the "up" ATP state that favors UN binding. Further analysis suggests that initially, UN binds p97's non-symmetrical conformation, this association promotes a structural transition upon which five NTDs shift to an "up" state and are poised to bind ATP. The UBXL domain of Npl4 was captured bound to an NTD in the ADP state, demonstrating a conformation that may provide directionality to incoming substrate and introduce the flexibility needed for substrate processing.
リンクiScience / PubMed:38947518 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.6 Å
構造データ

17827

8pqx

EMDB-17827, PDB-8pqx:
p97 (VCP) mutant - F539A state III
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-17837: p97 (VCP) mutant - F539A (ATP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-18517: p97 (VCP) mutant - F539A with its adaptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

18790

8r0e

EMDB-18790, PDB-8r0e:
p97 (VCP) mutant - F266A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

19473

8rs9

EMDB-19473, PDB-8rs9:
p97 (VCP) double mutant - F266A F539A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

19475

8rsb

EMDB-19475, PDB-8rsb:
p97 (VCP) mutant - F539A ADP state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

19476

8rsc

EMDB-19476, PDB-8rsc:
p97 (VCP) mutant - F539A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Rattus (ネズミ)
キーワードCHAPERONE / Hexameric complex / ATPase / Unfoldase / Protein Quality Control / Segregase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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