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タイトルThe SARS-CoV-2 neutralizing antibody response to SD1 and its evasion by BA.2.86.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2734, Year 2024
掲載日2024年3月28日
著者Daming Zhou / Piyada Supasa / Chang Liu / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Helen M E Duyvesteyn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Wanwisa Dejnirattisai / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
PubMed 要旨Under pressure from neutralising antibodies induced by vaccination or infection the SARS-CoV-2 spike gene has become a hotspot for evolutionary change, leading to the failure of all mAbs developed ...Under pressure from neutralising antibodies induced by vaccination or infection the SARS-CoV-2 spike gene has become a hotspot for evolutionary change, leading to the failure of all mAbs developed for clinical use. Most potent antibodies bind to the receptor binding domain which has become heavily mutated. Here we study responses to a conserved epitope in sub-domain-1 (SD1) of spike which have become more prominent because of mutational escape from antibodies directed to the receptor binding domain. Some SD1 reactive mAbs show potent and broad neutralization of SARS-CoV-2 variants. We structurally map the dominant SD1 epitope and provide a mechanism of action by blocking interaction with ACE2. Mutations in SD1 have not been sustained to date, but one, E554K, leads to escape from mAbs. This mutation has now emerged in several sublineages including BA.2.86, reflecting selection pressure on the virus exerted by the increasing prominence of the anti-SD1 response.
リンクNat Commun / PubMed:38548763 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 2.7 Å
構造データ

16680

8cin

EMDB-16680, PDB-8cin:
BA.4/5-5 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.4 SPIKE GLYCOPROTEIN
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

18807

8r1c

EMDB-18807: SD1-2 fab in complex with SARS-COV-2 BA.12.1 Spike Glycoprotein.
PDB-8r1c: SD1-2 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

18808

8r1d

EMDB-18808, PDB-8r1d:
SD1-3 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV2 (SARSコロナウイルス2) / spike / glycoprotein (糖タンパク質) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / antibody (抗体) / fab / BA.4 / BA.5 / BA.4/5-5 / cross-protective / omicron variant (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / vaccine (ワクチン) / therapeutic (治療) / complex / neutralising / convalescent sera / immune system (免疫系) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / SD1 domain / neutralisingm convalescent sera / SD1-2 / BA.2.12.1 / virus (ウイルス) / BA.2.86 / SD1-3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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