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タイトルCENP-A and CENP-B collaborate to create an open centromeric chromatin state.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 8227, Year 2023
掲載日2023年12月12日
著者Harsh Nagpal / Ahmad Ali-Ahmad / Yasuhiro Hirano / Wei Cai / Mario Halic / Tatsuo Fukagawa / Nikolina Sekulić / Beat Fierz /
PubMed 要旨Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore ...Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore assemble, connecting the centromere to spindle microtubules during cell division. The DNA-binding centromeric protein CENP-B is involved in maintaining centromere stability and, together with CENP-A, shapes the centromeric chromatin state. The nanoscale organization of centromeric chromatin is not well understood. Here, we use single-molecule fluorescence and cryoelectron microscopy (cryoEM) to show that CENP-A incorporation establishes a dynamic and open chromatin state. The increased dynamics of CENP-A chromatin create an opening for CENP-B DNA access. In turn, bound CENP-B further opens the chromatin fiber structure and induces nucleosomal DNA unwrapping. Finally, removal of CENP-A increases CENP-B mobility in cells. Together, our studies show that the two centromere-specific proteins collaborate to reshape chromatin structure, enabling the binding of centromeric factors and establishing a centromeric chromatin state.
リンクNat Commun / PubMed:38086807 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.73 - 6.7 Å
構造データ

EMDB-18699: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (Class1: most wrapped DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-18714: Human H3 nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-18739: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most wrapped DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-18740: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (partially unwrapped)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-18745: Human Cenp-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-18753: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (most wrapped DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-18763: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (partially unwrapped DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-18768: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA (most unwrapped DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-18775: Human CENP-A nucleosome assembled on 601 DNA with CENP-B box
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-18776: Human CENP-A nucleosome assembled on 601 DNA with CENP-B box in complex with CENP-B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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