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Structure paper

タイトルStructural and functional insight into the interaction of Clostridioides difficile toxin B and FZD.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 43, Issue 2, Page 113727, Year 2024
掲載日2024年2月27日
著者Julia Kinsolving / Julien Bous / Pawel Kozielewicz / Sara Košenina / Rawan Shekhani / Lukas Grätz / Geoffrey Masuyer / Yuankai Wang / Pål Stenmark / Min Dong / Gunnar Schulte /
PubMed 要旨The G protein-coupled receptors of the Frizzled (FZD) family, in particular FZD, are receptors that are exploited by Clostridioides difficile toxin B (TcdB), the major virulence factor responsible ...The G protein-coupled receptors of the Frizzled (FZD) family, in particular FZD, are receptors that are exploited by Clostridioides difficile toxin B (TcdB), the major virulence factor responsible for pathogenesis associated with Clostridioides difficile infection. We employ a live-cell assay examining the affinity between full-length FZDs and TcdB. Moreover, we present cryoelectron microscopy structures of TcdB alone and in complex with full-length FZD, which reveal that large structural rearrangements of the combined repetitive polypeptide domain are required for interaction with FZDs and other TcdB receptors, constituting a first step for receptor recognition. Furthermore, we show that bezlotoxumab, an FDA-approved monoclonal antibody to treat Clostridioides difficile infection, favors the apo-TcdB structure and thus disrupts binding with FZD. The dynamic transition between the two conformations of TcdB also governs the stability of the pore-forming region. Thus, our work provides structural and functional insight into how conformational dynamics of TcdB determine receptor binding.
リンクCell Rep / PubMed:38308843
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.63 Å
構造データ

18373

8qen

EMDB-18373, PDB-8qen:
cryo-EM structure of apo Clostridioides difficile toxin B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

18374

8qeo

EMDB-18374, PDB-8qeo:
cryo-EM structure complex of Frizzled-7 and Clostridioides difficile toxin B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-18402: cryo-EM structure of apo-TcdB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-18403: cryo-EM map of apo Clostridioides difficile toxin B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-18409: cryo-EM structure of TcdB-FZD7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-18410: cryo-EM structure of TcdB-FZD7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-18411: cryo-EM structure of TcdB-FZD7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)
  • clostridioides difficile (バクテリア)
  • Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTOXIN / microbiology / pore forming region / CROP dynamics / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / micriobiology / class F G protein-coupled receptors

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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