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タイトルDisease-specific tau filaments assemble via polymorphic intermediates.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 625, Issue 7993, Page 119-125, Year 2024
掲載日2023年11月29日
著者Sofia Lövestam / David Li / Jane L Wagstaff / Abhay Kotecha / Dari Kimanius / Stephen H McLaughlin / Alexey G Murzin / Stefan M V Freund / Michel Goedert / Sjors H W Scheres /
PubMed 要旨Intermediate species in the assembly of amyloid filaments are believed to play a central role in neurodegenerative diseases and may constitute important targets for therapeutic intervention. However, ...Intermediate species in the assembly of amyloid filaments are believed to play a central role in neurodegenerative diseases and may constitute important targets for therapeutic intervention. However, structural information about intermediate species has been scarce and the molecular mechanisms by which amyloids assemble remain largely unknown. Here we use time-resolved cryogenic electron microscopy to study the in vitro assembly of recombinant truncated tau (amino acid residues 297-391) into paired helical filaments of Alzheimer's disease or into filaments of chronic traumatic encephalopathy. We report the formation of a shared first intermediate amyloid filament, with an ordered core comprising residues 302-316. Nuclear magnetic resonance indicates that the same residues adopt rigid, β-strand-like conformations in monomeric tau. At later time points, the first intermediate amyloid disappears and we observe many different intermediate amyloid filaments, with structures that depend on the reaction conditions. At the end of both assembly reactions, most intermediate amyloids disappear and filaments with the same ordered cores as those from human brains remain. Our results provide structural insights into the processes of primary and secondary nucleation of amyloid assembly, with implications for the design of new therapies.
リンクNature / PubMed:38030728 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度1.75 - 21.1 Å
構造データ

EMDB-17806, PDB-8ppo:
First Intermediate Amyloid (FIA) - Tau
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.0 Å

EMDB-18070, PDB-8q27:
Tau: AD-MIA1
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.02 Å

EMDB-18109, PDB-8q2j:
Tau - AD-MIA2
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.23 Å

EMDB-18111, PDB-8q2k:
Tau - AD-MIA3
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-18112, PDB-8q2l:
Tau - AD-MIA4
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-18215, PDB-8q7f:
Tau - AD-MIA5
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-18219, PDB-8q7l:
Tau - AD-MIA6 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.82 Å

EMDB-18224, PDB-8q7m:
Tau - AD-MIA7 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-18228, PDB-8q7p:
Tau - AD-MIA8 (intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-18233, PDB-8q7t:
Tau - AD-MIA11
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-18249, PDB-8q88:
Tau - AD-LIA2 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-18250, PDB-8q8c:
Tau - AD-MIA10 (intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 1.92 Å

EMDB-18251, PDB-8q8d:
Tau - AD-LIA6 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-18252, PDB-8q8e:
Tau - AD-LIA4 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.81 Å

EMDB-18253, PDB-8q8f:
Tau - AD-LIA5 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-18254, PDB-8q8l:
Tau - AD-LIA7 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-18255, PDB-8q8m:
Tau - AD-PHF long crossover
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-18258, PDB-8q8r:
Tau - AD-PHF
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-18259, PDB-8q8s:
Tau - AD-THF
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.68 Å

EMDB-18261, PDB-8q8u:
Tau - CTE-MIA1 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-18262, PDB-8q8v:
Tau - CTE-MIA3
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-18263, PDB-8q8w:
Tau - CTE-MIA4 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-18264, PDB-8q8x:
Tau - CTE-MIA5 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.54 Å

EMDB-18265, PDB-8q8y:
Tau - CTE-MIA6 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-18266, PDB-8q8z:
Tau - CTE-MIA7 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-18270, PDB-8q97:
Tau - CTE-MIA9 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.99 Å

EMDB-18271, PDB-8q98:
Tau - CTE-MIA8 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 1.75 Å

EMDB-18272, PDB-8q99:
Tau - CTE-MIA10 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-18273, PDB-8q9a:
Tau - CTE-MIA11 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-18275, PDB-8q9b:
Tau - CTE-MIA13 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-18276, PDB-8q9c:
Tau - CTE-MIA14 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-18277, PDB-8q9d:
Tau - CTE-MIA15 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-18278, PDB-8q9e:
Tau - CTE-MIA18 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-18279, PDB-8q9f:
Tau - CTE-LIA3 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 1.91 Å

EMDB-18280, PDB-8q9g:
Tau - CTE-LIA5 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.65 Å

EMDB-18281, PDB-8q9h:
Tau - CTE-LIA4 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.18 Å

EMDB-18282, PDB-8q9i:
Tau - CTE-LIA6 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.56 Å

EMDB-18283, PDB-8q9j:
Tau - CTE-LIA7 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-18284, PDB-8q9k:
Tau - CTE-LIA13 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-18285, PDB-8q9l:
Tau - CTE-LIA14 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-18286, PDB-8q9m:
Tau - CTE-type I (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.65 Å

EMDB-18287: Tau - CTE-type II (tau intermediate amyloid)
PDB-8q9o: CTE tau intermediate amyloid (LIA-17)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-18331, PDB-8qcp:
Tau - AD-LIA8 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-18333, PDB-8qcr:
Tau - CTE-MIA12 (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-18344: AD Tau intermediate amyloid (LIA-1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-18347: AD Tau intermediate amyloid (LIA-3)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-18348: AD Tau intermediate amyloid (MIA-9)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.34 Å

EMDB-18349: AD Tau intermediate amyloid (QHF)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.28 Å

EMDB-18354: CTE Tau intermediate amyloid (MIA-2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.22 Å

EMDB-18355: CTE Tau intermediate amyloid (MIA-16)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.59 Å

EMDB-18356: CTE Tau intermediate amyloid (MIA-19)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.73 Å

EMDB-18357: CTE Tau intermediate amyloid (MIA-20)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.02 Å

EMDB-18358: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.56 Å

EMDB-18359: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-2)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.97 Å

EMDB-18360: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-8)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.55 Å

EMDB-18361: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-9)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.97 Å

EMDB-18362: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-10)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 21.1 Å

EMDB-18363: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-11)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.11 Å

EMDB-18364: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-12)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.86 Å

EMDB-18365: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-15)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.27 Å

EMDB-18366: CTE Tau intermediate amyloid (LIA-16)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.33 Å

EMDB-18448, PDB-8qjj:
CTE type II (tau intermediate amyloid)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.35 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid / tau

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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