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タイトルThe structure of immature tick-borne encephalitis virus supports the collapse model of flavivirus maturation.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 27, Page eadl1888, Year 2024
掲載日2024年7月5日
著者Maria Anastasina / Tibor Füzik / Aušra Domanska / Lauri Ilmari Aurelius Pulkkinen / Lenka Šmerdová / Petra Pokorná Formanová / Petra Straková / Jiří Nováček / Daniel Růžek / Pavel Plevka / Sarah Jane Butcher /
PubMed 要旨We present structures of three immature tick-borne encephalitis virus (TBEV) isolates. Our atomic models of the major viral components, the E and prM proteins, indicate that the pr domains of prM ...We present structures of three immature tick-borne encephalitis virus (TBEV) isolates. Our atomic models of the major viral components, the E and prM proteins, indicate that the pr domains of prM have a critical role in holding the heterohexameric prM3E3 spikes in a metastable conformation. Destabilization of the prM furin-sensitive loop at acidic pH facilitates its processing. The prM topology and domain assignment in TBEV is similar to the mosquito-borne Binjari virus, but is in contrast to other immature flavivirus models. These results support that prM cleavage, the collapse of E protein ectodomains onto the virion surface, the large movement of the membrane domains of both E and M, and the release of the pr fragment from the particle render the virus mature and infectious. Our work favors the collapse model of flavivirus maturation warranting further studies of immature flaviviruses to determine the sequence of events and mechanistic details driving flavivirus maturation.
リンクSci Adv / PubMed:38959313 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 8.64 Å
構造データ

17808

8ppq

EMDB-17808, PDB-8ppq:
Tick-borne encephalitis virus Kuutsalo-14 prM3E3 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-17809: Tick-borne encephalitis virus Kuutsalo-14 immature virus particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-17945: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) immature particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.64 Å

EMDB-17946: Tick-borne encephalitis virus (strain Neudoerfl) immature particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.02 Å

17947

8puv

EMDB-17947, PDB-8puv:
Trimeric prM/E spike of Tick-borne encephalitis virus immature particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
キーワードVIRUS / Complex / Spike / Fusion protein / Glycosylation / Transmembrane protein / Maturation / Trimer / Hexamer / Dimer / immature particle / tick-borne / flavivirus / spike trimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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