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Structure paper

タイトルStructural insights into human TFIIIC promoter recognition.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 27, Page eadh2019, Year 2023
掲載日2023年7月7日
著者Wolfram Seifert-Davila / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller /
PubMed 要旨Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB ...Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB is the first critical step for tRNA synthesis but is mechanistically poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the six-subunit human TFIIIC complex unbound and bound to a tRNA gene. The τB module recognizes the B-box via DNA shape and sequence readout through the assembly of multiple winged-helix domains. TFIIIC220 forms an integral part of both τA and τB connecting the two subcomplexes via a ~550-amino acid residue flexible linker. Our data provide a structural mechanism by which high-affinity B-box recognition anchors TFIIIC to promoter DNA and permits scanning for low-affinity A-boxes and TFIIIB for Pol III activation.
リンクSci Adv / PubMed:37418517
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.8 Å
構造データ

16713

8cli

EMDB-16713: Local refinement map of TFIIIC TauB-DNA monomer
PDB-8cli: TFIIIC TauB-DNA monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

16714

8clj

EMDB-16714, PDB-8clj:
TFIIIC TauB-DNA dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

16715

8clk

EMDB-16715: TFIIIC TauA complex map
PDB-8clk: TFIIIC TauA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-16716: TFIIIC TauA complex map (sample without DNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

16717

8cll

EMDB-16717, PDB-8cll:
Structural insights into human TFIIIC promoter recognition
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-17446: Consensus map of TauB-DNA dimer (Nu-refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-17447: Local refinement map of TFIIIC TauB-DNA monomer 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / TFIIIC / tRNA gene / B-Box promoter / DNA recognition

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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