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Structure paper

タイトルCryo-EM analysis reveals new insights into the mechanism of action of pyruvate carboxylase.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 18, Issue 10, Page 1300-1310, Year 2010
掲載日2010年10月13日
著者Gorka Lasso / Linda P C Yu / David Gil / Song Xiang / Liang Tong / Mikel Valle /
PubMed 要旨Pyruvate carboxylase (PC) is a conserved multifunctional enzyme linked to important metabolic diseases. PC homotetramer is arranged in two layers with two opposing monomers per layer. Cryo-EM ...Pyruvate carboxylase (PC) is a conserved multifunctional enzyme linked to important metabolic diseases. PC homotetramer is arranged in two layers with two opposing monomers per layer. Cryo-EM explores the conformational variability of PC in the presence of different substrates. The results demonstrate that the biotin-carboxyl carrier protein (BCCP) domain localizes near the biotin carboxylase (BC) domain of its own monomer and travels to the carboxyltransferase (CT) domain of the opposite monomer. All density maps show noticeable conformational differences between layers, mainly for the BCCP and BC domains. This asymmetry may be indicative of a coordination mechanism where monomers from different layers catalyze the BC and CT reactions consecutively. A conformational change of the PC tetramerization (PT) domain suggests a new functional role in communication. A long-range communication pathway between subunits in different layers, via interacting PT-PT and BC-BC domains, may be responsible for the cooperativity of PC from Staphylococcus aureus.
リンクStructure / PubMed:20947019 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.9 - 13.4 Å
構造データ

EMDB-1736:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of Acetyl-CoA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.4 Å

EMDB-1737:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA, AMP-PNP, KHCO3 and pyruvate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.2 Å

EMDB-1738:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA and AMP-PNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.3 Å

EMDB-1741:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (total map prior to maximum likekihood based classification)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-1742:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-1743:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of actyl-CoA, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-1744:
Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA, AMP-PNP, KHCO3 and oxaloacetate (based on a subset obtained after maximum likelihood based classification)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

由来
  • Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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