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タイトルStructure and function of the SIT1 proline transporter in complex with the COVID-19 receptor ACE2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 5503, Year 2024
掲載日2024年6月29日
著者Huanyu Z Li / Ashley C W Pike / Irina Lotsaris / Gamma Chi / Jesper S Hansen / Sarah C Lee / Karin E J Rödström / Simon R Bushell / David Speedman / Adam Evans / Dong Wang / Didi He / Leela Shrestha / Chady Nasrallah / Nicola A Burgess-Brown / Robert J Vandenberg / Timothy R Dafforn / Elisabeth P Carpenter / David B Sauer /
PubMed 要旨Proline is widely known as the only proteogenic amino acid with a secondary amine. In addition to its crucial role in protein structure, the secondary amino acid modulates neurotransmission and ...Proline is widely known as the only proteogenic amino acid with a secondary amine. In addition to its crucial role in protein structure, the secondary amino acid modulates neurotransmission and regulates the kinetics of signaling proteins. To understand the structural basis of proline import, we solved the structure of the proline transporter SIT1 in complex with the COVID-19 viral receptor ACE2 by cryo-electron microscopy. The structure of pipecolate-bound SIT1 reveals the specific sequence requirements for proline transport in the SLC6 family and how this protein excludes amino acids with extended side chains. By comparing apo and substrate-bound SIT1 states, we also identify the structural changes that link substrate release and opening of the cytoplasmic gate and provide an explanation for how a missense mutation in the transporter causes iminoglycinuria.
リンクNat Commun / PubMed:38951531 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.24 - 3.76 Å
構造データ

17377

8p2w

EMDB-17377, PDB-8p2w:
Structure of human SIT1 (focussed map / refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

17378

8p2x

EMDB-17378, PDB-8p2x:
Structure of human SIT1:ACE2 complex (open PD conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

17379

8p2y

EMDB-17379, PDB-8p2y:
Structure of human SIT1:ACE2 complex (closed PD conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

17380

8p2z

EMDB-17380, PDB-8p2z:
Structure of human SIT1 bound to L-pipecolate (focussed map / refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

17381

8p30

EMDB-17381, PDB-8p30:
Structure of human SIT1:ACE2 complex (open PD conformation) bound to L-pipecolate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

17382

8p31

EMDB-17382, PDB-8p31:
Structure of human SIT1:ACE2 complex (closed PD conformation) bound to L-pipecolate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NDG:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-アセチル-α-D-グルコサミン

ChemComp-YCP:
(2S)-piperidine-2-carboxylic acid / L-ピペコリン酸

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / COVID-19 receptor / amino acid transport / amino acid transporter / proline / SLC6A20 / ACE2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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