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Structure paper

タイトルNucleotide-induced global conformational changes of flagellar dynein arms revealed by in situ analysis.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 17, Issue 6, Page 761-767, Year 2010
掲載日2010年5月9日
著者Tandis Movassagh / Khanh Huy Bui / Hitoshi Sakakibara / Kazuhiro Oiwa / Takashi Ishikawa /
PubMed 要旨Outer and inner dynein arms generate force for the flagellar/ciliary bending motion. Although nucleotide-induced structural change of dynein heavy chains (the ATP-driven motor) was proven in vitro, ...Outer and inner dynein arms generate force for the flagellar/ciliary bending motion. Although nucleotide-induced structural change of dynein heavy chains (the ATP-driven motor) was proven in vitro, our lack of knowledge in situ has precluded an understanding of the bending mechanism. Here we reveal nucleotide-induced global structural changes of the outer and inner dynein arms of Chlamydomonas reinhardtii flagella in situ using electron cryotomography. The ATPase domains of the dynein heavy chains move toward the distal end, and the N-terminal tail bends sharply during product release. This motion could drive the adjacent microtubule to cause a sliding motion. In contrast to in vitro results, in the presence of nucleotides, outer dynein arms coexist as clusters of apo or nucleotide-bound forms in situ. This implies a cooperative switching, which may be related to the mechanism of bending.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:20453857
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度37.0 - 39.0 Å
構造データ

EMDB-1696:
Outer Dynein arms with a Microtubule Doublet in the absence of nucleotides
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.0 Å

EMDB-1697:
Outer dynein arms with a microtubule doublet in the presence of ADP.Vanadate
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.0 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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