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Structure paper

タイトルCryoET shows cofilactin filaments inside the microtubule lumen.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2023
掲載日2023年3月31日
著者Camilla Ventura Santos / Stephen L Rogers / Andrew P Carter /
PubMed 要旨Cytoplasmic microtubules are tubular polymers that can harbor small proteins or filaments inside their lumen. The identity of these objects and what causes their accumulation has not been ...Cytoplasmic microtubules are tubular polymers that can harbor small proteins or filaments inside their lumen. The identity of these objects and what causes their accumulation has not been conclusively established. Here, we used cryogenic electron tomography (cryoET) of S2 cell protrusions and found filaments inside the microtubule lumen, which resemble those reported recently in human HAP1 cells. The frequency of these filaments increased upon inhibition of the sarco/endoplasmic reticulum Ca ATPase (SERCA) with the small-molecule drug thapsigargin. Subtomogram averaging showed that the luminal filaments adopt a helical structure reminiscent of cofilin-bound actin (cofilactin). Consistent with this, cofilin was activated in cells under the same conditions that increased luminal filament occurrence. Furthermore, RNAi knock-down of cofilin reduced the frequency of luminal filaments with cofilactin morphology. These results suggest that cofilin activation stimulates its accumulation on actin filaments inside the microtubule lumen.
リンクbioRxiv / PubMed:37034688 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度16.5 Å
構造データ

EMDB-16685: Tomogram of an induced protrusion of a Drosophila S2 cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16693: Tomogram of an induced protrusion of a Drosophila S2 cell
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16695: Tomogram of an induced protrusion of a Drosophila S2 alpha-tubulin acetyltransferase knock-out (dTAT KO) cell with a filament inside the microtubule lumen
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16720: Tomogram of an induced protrusion of a Drosophila S2 cell with filaments inside the microtubule lumen.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16800: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell with filaments inside the microtubule lumen
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-16811: Tomogram of an induced protrusion of a cofilin knock-down Drosophila S2 cell with a filament inside the microtubule lumen.
手法: EM (トモグラフィー)

16877

8oh4

EMDB-16877, PDB-8oh4:
Subtomogram averaging structure of cofilactin filament inside microtubule lumen of Drosophila S2 cell protrusion.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.5 Å

由来
  • Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • drosophila (ハエ)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Cytoskeleton / Filament / Actin / Cofilactin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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